window.alert（默认）将阻止用户访问程序界面的其余部分，直到对话框关闭。所有javascript也将被阻止。当对话框关闭时，js将继续运行。
如果你把默认的alert替换成js函数，它将连续运行两个alert函数。如果你想阻止第一个alert方法，你应该使用async await。
代码如下：

if(document.getElementById) {
    window.alert = async function(txt) { // change method to async
       await createCustomAlert(txt);
    }
}

更改createCustomAlert函数

async function createCustomAlert(txt) {
   ...
    /* if(d.getElementById("modalContainer")) return; */ // youshould comment out it. otherwise the second alert will directly return.
...
   // add promise to listen on btn click event.
    let promise = new Promise((resolve, reject) => {
      btn.addEventListener('click', resolve)
    })
    return promise;
}

更改ful函数

async function ful(){
 await alert('First Alert!'); // waiting for alert dialog close.
 await alert('second Alert!');
}