1. char *arr是一个字符的指针，而不是你所想的二维数组。
2. getchar()会传回整数，而EOF通常会定义为-1。如果char是signed或unsigned，则会实作定义。

#define _XOPEN_SOURCE 500
#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <string.h>

#define STR_LEN 50

int main() {
    char **arr = NULL;
    char string[STR_LEN];
    int counter = 0;
    int counter_str = 0;
    for(; counter + 1 < STR_LEN;) {
        int sym = getchar();
        if(sym == EOF)
            break;
        if(sym != ' ' && sym != '\t')
            string[counter++] = sym;
        if(sym == '\n') {
            string[counter] = '\0';
            char **tmp = realloc(arr, (counter_str + 1) * sizeof(*arr));
            if(!tmp) {
                printf("realloc failed\n");
                return 1;
            }
            arr = tmp;
            arr[counter_str] = strdup(string);
            if(!arr[counter_str]) {
                printf("strdup failed\n");
                return 1;
            }
            counter = 0;
            counter_str++;
        }
    }
    for(int i = 0; i < counter_str; i++) {
        printf("%s", arr[i]);
        free(arr[i]);
    }
    free(arr);
}

和运行示例：

hello world
again
helloworld
again

除非你非常关心如何容纳尽可能多的非空格和非制表符字符，否则直接读取然后剥离字符串可能会更清楚：

#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <string.h>

#define STR_LEN 50

void strip(char *s, const char *accept) {
    for(;;) {
        s = strpbrk(s, accept);
        if(!s)
            break;
        *s = s[1];
    }
}

int main(void) {
    char **arr = NULL;
    for(size_t i = 0;; i++) {
        char **tmp = realloc(arr, (i + 1) * sizeof(*arr));
        if(!tmp) {
            printf("realloc failed\n");
            return 1;
        }
        arr = tmp;
        arr[i] = malloc(STR_LEN);
        if(!arr[i]) {
            printf("malloc failed\n");
            return 1;
        }
        if(!fgets(arr[i], STR_LEN, stdin)) {
            free(arr[i]);
            arr[i] = NULL;
            break;
        }
        strip(arr[i], " \t");
    }
    for(size_t i = 0; arr[i]; i++) {
        printf("%s", arr[i]);
        free(arr[i]);
    }
    free(arr);
}

特别是如果你可以限制字符串的数目（N）：

#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <string.h>

#define N 3
#define STR_LEN 50

void strip(char *s, const char *accept) {
    for(;;) {
        s = strpbrk(s, accept);
        if(!s)
            break;
        *s = s[1];
    }
}

int main(void) {
    char arr[N][STR_LEN];
    for(size_t i = 0; i < N; i++) {
        if(!fgets(arr[i], STR_LEN, stdin))
            break;
        strip(arr[i], " \t");
    }
    for(size_t i = 0; *arr[i]; i++) {
        printf("%s", arr[i]);
    }
}