我试图在命令行上设置变量效应预测器（VEP）。我正在按照设置教程，但我遇到了一些错误的依赖关系。我也很新的命令行，所以如果有人能够打破解决方案太多，我会非常感激。谢谢！
教育课程：https://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_tutorial.html
VEP要求：http://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_download.html#requirements
我也有Perl v5.32.1。
"我的所作所为"
我使用以下命令安装了依赖项（在要求页中列出）：
- sudo -s cpanm DBI
- sudo -s cpanm Archive::Zip
- sudo -s cpanm DBD::mysql对于DBD:mysql，我得到以下消息：
--> Working on DBD::mysql
Fetching http://www.cpan.org/authors/id/D/DV/DVEEDEN/DBD-mysql-4.050.tar.gz ... OK
Configuring DBD-mysql-4.050 ... N/A
! Configure failed for DBD-mysql-4.050. See /root/.cpanm/work/1626111140.5937/build.log for details.无论如何，我试着运行了perl INSTALL.pl（从教程页面），得到了下面的消息。如果可能的话，我希望VEP也能在在线模式下运行。
`WARNING: DBD::mysql module not found. VEP can only run in offline (--offline) mode without DBD::mysql installed
http://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_download.html#requirements
Hello! This installer is configured to install v104 of the Ensembl API for use by the VEP.
It will not affect any existing installations of the Ensembl API that you may have.
It will also download and install cache files from Ensembl's FTP server.
Checking for installed versions of the Ensembl API...done
Setting up directories
Destination directory ./Bio already exists.
Do you want to overwrite it (if updating VEP this is probably OK) (y/n)? y
- fetching BioPerl
- unpacking ./Bio/tmp/release-1-6-924.zip
ERROR: Unable to unpack file ./Bio/tmp/release-1-6-924.zip without Archive::Extract or tar/unzip/gzip`
1条答案
按热度按时间46scxncf1#
您向我们显示此错误：
配置DBD-mysql-4.050失败。有关详细信息，请参阅/root/. cpann/work/1626111140. 5937/build. log。
所以往里面看会给予你更多关于问题所在的线索。没有这些，我们只能猜测。
DBD：：mysql发行版附带了一个名为DBD::mysql::INSTALL的文件，它将指导您解决安装此模块时会发现的一些问题。
需要注意的是，DBD：：mysql是MySQL客户端库的 Package 器。它们是用C语言编写的，所以你需要安装一个C编译器来构建DBD：：mysql。你还需要客户端库和客户端库的开发版本（用于编译模块所需的C头文件）。在Ubuntu上，这些包被称为“libmysqlclient”和“libmysqlclient-dev”。如果你没有C编译器，那么你也需要安装“gcc”。
但是这一切都变得有点复杂了。还有另一种更简单的方法。如果你使用的是Perl的系统版本（这个版本是作为操作系统的一部分安装的，可能位于
/usr/bin/perl中），那么我建议你使用这个包的预构建Ubuntu版本，你可以通过运行以下命令来安装它：安装该版本使用操作系统自己的软件包管理器，软件包管理器知道需要哪些其他软件包才能正常工作，所以它也会安装这些软件包。
人们可能会抱怨说，安装CPAN的模块会更好，因为它给了你更大的灵活性，并且允许你使用比操作系统库中的版本更新的包。他们是对的。但是，老实说，如果你是一个非Perl程序员，只想启动和运行一个应用程序，这是迄今为止最简单的方法。
(But，正如我在上面所说的，这都是猜测，因为您还没有与我们分享最重要的错误。）