我正在寻找一个好的库,它可以在Python中集成僵硬的ODE。问题是,scipy的odeint * 有时 * 会给我很好的解决方案,但是初始条件的最轻微的变化都会导致它崩溃并放弃。同样的问题可以很好地由MATLAB的僵硬求解器解决(ode15s和ode23s),但我无法使用它(即使是从Python中,因为没有一个用于API的Python绑定实现回调,而且我需要将一个函数传递给ODE求解器)。但它非常复杂。任何建议都将不胜感激。
编辑:我在PyGSL中遇到的具体问题是选择正确的阶跃函数。(bdf公式和修正的Rosenbrock,如果这有意义的话)。那么对于刚性系统,什么是好的阶跃函数呢?我必须解这个系统很长一段时间,以确保它达到稳态,而GSL解算器要么选择极小的时间步长,要么选择过大的时间步长。
4条答案
按热度按时间0sgqnhkj1#
如果你能用Matlab的
ode15s
解决你的问题,你应该也能用scipy的vode
求解器来解决它。为了模拟ode15s
,我使用了以下设置:然后你就可以很高兴地用
ode15s.integrate(t_final)
解决你的问题了。它在一个僵硬的问题上应该能很好地工作。(See也称为Link)
dsf9zpds2#
Python可以调用C。ODEPACK中的行业标准是LSODE。它是公共领域的。你可以下载C version。这些解算器非常棘手,所以最好使用一些经过良好测试的代码。
补充:确保你真的有一个刚性系统,也就是说,如果速率(特征值)相差超过2或3个数量级。此外,如果系统是刚性的,但你只是在寻找一个稳态解,这些解算器给予你的选择,解决一些方程代数。否则,一个好的龙格库塔解算器,如DVERK将是一个很好的,更简单的解决方案。
在此添加,因为它不适合放在注解中:这来自DLSODE标题文档:
当然,米氏动力学是非线性的,但艾特肯加速度也适用。(如果您需要简短的说明,首先考虑Y是标量的简单情况。运行系统得到3个Y(T)点。通过它们拟合指数曲线(简单代数)。然后将Y设为渐近线并重复。现在将Y推广为向量。假设3个点在一个平面上-如果它们不在平面上也可以。)此外,除非你有一个强制功能(像一个恒定的静脉滴注),MM消除将衰减消失,系统将接近线性。希望这有帮助。
5sxhfpxr3#
PyDSTool封装了Radau解算器,它是一个优秀的隐式刚性积分器。它比odeint有更多的设置,但比PyGSL少很多。最大的好处是你的RHS函数被指定为字符串(通常,尽管你可以使用符号操作来构建系统),并被转换为C,所以没有缓慢的python回调,整个过程将非常快。
pzfprimi4#
我目前正在研究一点ODE和它的求解器,所以你的问题对我来说很有趣...
从我所听到的和读到的,对于僵硬的问题,正确的方法是选择一个隐式方法作为阶跃函数(如果我错了请纠正我,我还在学习ODE求解器的奥秘)。我不能引用你我在哪里读到的,因为我不记得了,但这里有一个来自gsl-help的thread,在那里问了一个类似的问题。
因此,简而言之,
bsimp
方法似乎值得一试,尽管它需要雅可比函数。如果你不能计算雅可比函数,我将尝试rk2imp
、rk4imp
或任何齿轮方法。