确定-Path必须引用与zip文件中相同的目录结构。
我的测试zip具有以下目录结构：

myZip.zip
-> dir1
-> -> dir2
-> -> -> dir3
-> -> -> -> myFile.txt

我的参考目录定义为：

dir1
-> dir2
-> -> dir3
-> -> -> myFile.txt

我就可以跑了
Compress-Archive -Path .\dir1 -DestinationPath .\myZip.zip -Update
这会将文件放到正确的目录中。
感谢@SantiagoSquarzon和@metablaster提供的相关服务

这就是如何直接使用.NET API更新ZipArchiveEntry的方法，此方法不需要外部应用程序或Compress-Archive。它也不需要模拟Zip结构来定位正确的文件，相反，它需要您通过传递正确的相对路径（dir1/dir2/dir3/myFile.txt）作为.GetEntry(..)的参数来定位正确的Zip条目。

using namespace System.IO
using namespace System.IO.Compression

Add-Type -AssemblyName System.IO.Compression

$filestream = (Get-Item .\myZip.zip).Open([FileMode]::Open)
$ziparchive = [ZipArchive]::new($filestream, [ZipArchiveMode]::Update)
# relative path of the ZipEntry must be precise here
# ZipEntry path is relative, note the forward slashes are important
$zipentry   = $ziparchive.GetEntry('dir1/dir2/dir3/myFile.txt')
$wrappedstream = $zipentry.Open()
# this is the source file, used to replace the ZipEntry
$copyStream    = (Get-Item .\file.txt).OpenRead()
$copyStream.CopyTo($wrappedstream)
$wrappedstream, $copyStream, $ziparchive, $filestream | ForEach-Object Dispose