我试过你的代码（有strict，warnings和我认为是必需的模块，把自由变量变成字符串）：

kyle@indigo64 ~[home*]$ cat x.pl
use strict;
use warnings;
use HTTP::Cookies;
use LWP::UserAgent;
use CGI::Cookie;

my $ua         = new LWP::UserAgent;
my %cookies    = fetch CGI::Cookie;
my $encoded    = $cookies{'SCred'};

my $cookie_jar = new HTTP::Cookies;
$cookie_jar->set_cookie(
  1, "SCred", '$encoded',
  "/", '$SSO_DOMAIN',  "",
  0, 0, 60*60, 0
);
$ua->cookie_jar($cookie_jar);

print "ua: ",$ua,"\n";
print "ua->cookie_jar: ",$ua->cookie_jar,"\n";
mortis@indigo64 ~[home*]$ perl x.pl
ua: LWP::UserAgent=HASH(0x82f8cc8)
ua->cookie_jar: HTTP::Cookies=HASH(0x82f8b84)
kyle@indigo64 ~[home*]$

或者在'$ua = new...'和'$ua-〉cookie_jar'行之间是否存在$ua被重新赋值或设置为undef的行？如果在调用cookie_jar之前打印'$ua'的值，您应该看到它是undef的，它必须在第一次赋值和调用该方法之间的某个位置被重置。

为了排除任何奇怪的交互，请尝试以下操作：

my $cookie_jar = HTTP::Cookies->new;
my $ua = LWP::UserAgent->new;
my %cookies = CGI::Cookie->fetch;
my $encoded = $cookies{'SCred'};
$cookie_jar->set_cookie(
    1, "SCred", $encoded, "/", $SSO_DOMAIN,  "", 0, 0, 60*60, 0
);
$ua->cookie_jar($cookie_jar); # I get error on this line

现在，由于某种原因，$ua未定义，这意味着构造函数调用：

my $ua = LWP::UserAgent->new;

失败。我对fastcgi不太熟悉。但是，LWP::UserAgent在构造函数中出现任何失败时都会出错：我不知道你是如何到达这条线的。
你查过服务器日志了吗？完全是瞎猜：以下内容是否会向错误日志中添加任何有用的信息？

my $ua = eval { LWP::UserAgent->new }
    or warn "LWP::UserAgent->new failed: $@";

如果这是你得到的实际错误，那就不是cookie_jar的问题。这只是你尝试调用的第一个方法。检查你在创建用户代理时是否得到了一个对象。
删除所有Cookie内容并尝试agent方法：

use strict;
my $ua = eval { LWP::UserAgent->new }
    or die "Could not make user-agent! $@";
$ua->agent("TestAgent");

如果在构造函数中出现了任何错误，你应该能够捕捉到它。但是，如果你的脚本还没有死，我想你还有别的地方出错了。如果LWP：：UserAgent：：new遇到问题，它已经崩溃了。它唯一能返回的是一个已经调用了方法的定义值。