您将不得不自己执行appendReplacement循环，而不是直接使用replaceAll。我将使用一个更简单的正则表达式：

Pattern pattern = Pattern.compile("#([A-Z]{4})");
Matcher mat = pattern.matcher(text);
StringBuffer buf = new StringBuffer();
while(mat.find()) {
  mat.appendReplacement(buf, mat.group(1).toLowerCase());
}
mat.appendTail(buf);

通常你必须注意appendReplacement（和replaceAll），如果替换字符串可能包含$符号或反斜杠，则使用Matcher.quoteReplacement，但在这种情况下，我们知道这不可能发生，因为组1总是正好四个字母。

这将起作用：

Matcher matcher = patt.matcher(text);
matcher.matches();
String res = matcher.group(1) + matcher.group(3).toLowerCase() + matcher.group(4);

这里有一条线：

String text2 = text.replaceFirst("(?<=#)[A-Z]{4}", text.replaceAll(".*?#([A-Z]{4}).*", "$1").toLowerCase());

举你例子：

final String text = "Some Text #AAAA some Other text ..";
        String text2 = text.replaceFirst("(?<=#)[A-Z]{4}", text.replaceAll(".*?#([A-Z]{4}).*", "$1").toLowerCase());
        System.out.println(text2);

将输出：

Some Text #aaaa some Other text ..

试试这个：

public static void main (String args[]) {
    String matched = "";
    Pattern pattern = Pattern.compile("(.*?)(#)([A-Z]{4})(.*?)");
    Matcher matcher = pattern.matcher("Some Text #AAAA some Other text");
    if (matcher.find()) {   
        matched =  matcher.group(1) + matcher.group(3).toLowerCase() + matcher.group(4);
    }
    System.out.println(matched);
}

引用Matcher.replaceAll() API页面中的内容：
请注意，替换字符串中的反斜杠（\）和美元符号（$）可能导致结果与将其视为文字替换字符串时的结果不同。美元符号可能被视为对捕获的子序列的引用。
这听起来就像你面临的问题...