我刚刚遇到了同样的问题，但想出了不同的解决方案：

$('#checkbox-label').on('show.bs.tooltip change', function (e) {
    $(this).blur();
});

仅供参考，虽然这已经回答。
为了便于将来参考，当工具提示即将显示时， Bootstrap 会触发show.bs.tooltip事件。这样，您可以有条件地检查某些内容。如果您将事件传递给函数，则可以在条件失败且您不希望显示工具提示时运行event.preventDefault（）。
http://jsfiddle.net/SeanWessell/eLax5hdq/9/

$('#checkbox-label').on('show.bs.tooltip change', function (e) {
    $this = $(this);
    if (e.type == 'show' && $this.find(":checkbox").is(":checked")) {
        e.preventDefault();
    } else if (e.type == 'change') {
        $this.find(":checkbox").is(":checked") ? $this.tooltip('hide') : $this.tooltip('show');
    }
});

使用$(this).tooltip("hide")而不是$(this).tooltip("close")，因为.tooltip()不支持值为"close"的参数。
Fiddle Example
如Bootstrap文档中所述，tooltip支持的方法包括：.tooltip('hide')、.tooltip('show')、.tooltip('toggle')和.tooltip('destroy')。

用一个更简单的解决方案来回答我自己的问题，但我将保留公认的答案。
Bootstrap默认显示悬停和焦点时的工具提示，点击复选框会使元素处于焦点状态，这就是为什么工具提示不会隐藏，除非有额外的代码，如这个问题的另外两个答案所示。
修复的方法是通过将data-trigger="hover"添加到<label>元素来指定我只希望悬停时显示工具提示。
总而言之，请更改以下内容：

<div>
  <label id="checkbox-label">
    <input type="checkbox">Checkbox
  </label>
</div>

收件人：

<div>
  <label id="checkbox-label" data-trigger="hover">
    <input type="checkbox">Checkbox
  </label>
</div>

触发器的默认值是“悬停焦点”，因此工具提示在单击按钮后保持可见，直到单击另一个按钮，因为该按钮处于焦点状态。
$（'[数据切换=“工具提示”]'）.工具提示（{触发器：'悬停' }）