SimpleXML抽象了节点，并为名称空间提供了一些自动逻辑，这对于基本/简单的XML结构来说非常有效。
对于更复杂的XML结构，你需要显式的--所以使用DOM。它有针对不同节点类型的特定方法，有名称空间和没有名称空间。

// define a list with the used namespaces
$namespaces = [
  'xmlns' => 'http://www.w3.org/2000/xmlns/',
  'xsi' => 'http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance',
  'signature' => 'http://www.w3.org/2000/09/xmldsig#',
  'wsdl-types' => 'http://microsoft.com/wsdl/types/'
];

$document = new DOMDocument('1.0', 'UTF-8');
// create and append an element with a namespace
// this will add the namespace definition for the prefix "p" also
$document->appendChild(
    $root = $document->createElementNS($namespaces['wsdl-types'], 'p:FatturazioneElettronica')
);
// set an attribute without a namespace
$root->setAttribute('versione', 'FPA12');
// add namespace definitions using the reserved "xmlns" namespace
$root->setAttributeNS($namespaces['xmlns'], 'xmlns:xsi', $namespaces['xsi']);
$root->setAttributeNS($namespaces['xmlns'], 'xmlns:ds', $namespaces['signature']);

// create and append the an element - keep in variable for manipulation
// the element does not have a namespace
$root->appendChild(
    $header = $document->createElement('FatturaElettronicaHeader')    
);
$header->appendChild(
    $dati = $document->createElement('DatiTrasmissione')
);

$dati->appendChild(
    $id = $document->createElement('IdTrasmittente')
);

// create and append element, set text content using a chained call 
$id
    ->appendChild($document->createElement('IdPaese'))
    ->textContent = 'IT';
$id
    ->appendChild($document->createElement('IdCodice'))
    ->textContent = '01234567890';
  
$dati
    ->appendChild($document->createElement('ProgressivoInvio'))
    ->textContent = '00001';
$dati
    ->appendChild($document->createElement('FormatoTrasmissione'))
    ->textContent = 'FPA12';
$dati
    ->appendChild($document->createElement('CodiceDestinatario'))
    ->textContent = 'AAAAAA';

$document->formatOutput = TRUE;
echo $document->saveXML();

输出：

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<p:FatturazioneElettronica xmlns:p="http://microsoft.com/wsdl/types/" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xmlns:ds="http://www.w3.org/2000/09/xmldsig#" versione="FPA12">
  <FatturaElettronicaHeader>
    <DatiTrasmissione>
      <IdTrasmittente>
        <IdPaese>IT</IdPaese>
        <IdCodice>01234567890</IdCodice>
      </IdTrasmittente>
      <ProgressivoInvio>00001</ProgressivoInvio>
      <FormatoTrasmissione>FPA12</FormatoTrasmissione>
      <CodiceDestinatario>AAAAAA</CodiceDestinatario>
    </DatiTrasmissione>
  </FatturaElettronicaHeader>
</p:FatturazioneElettronica>

注意在XML中p:FatturazioneElettronica有一个名称空间，它解析为{http://microsoft.com/wsdl/types/}FatturazioneElettronica，但是我不认为FatturazioneElettronica是WSDL类型名称空间中的有效元素。
FatturaElettronicaHeader（以及后代节点）没有命名空间。

首先，您想要的XML（以及您链接到的问题中的XML）格式不好，原因有几个。
其次，即使在这一点得到解决（见下文），我也不清楚你为什么要这样做。
不如这样：

$string = '<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<root>
   <p:FatturaElettronica xmlns:p="http://microsoft.com/wsdl/types/" xmlns:ds="http://www.w3.org/2000/09/xmldsig#" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" versione="FPA12">
      <FatturaElettronicaHeader>
         <DatiTrasmissione>
            <IdTrasmittente>
               <IdPaese>IT</IdPaese>
               <IdCodice>01234567890</IdCodice>
            </IdTrasmittente>
            <ProgressivoInvio>00001</ProgressivoInvio>
            <FormatoTrasmissione>FPA12</FormatoTrasmissione>
            <CodiceDestinatario>AAAAAA</CodiceDestinatario>
         </DatiTrasmissione>
      </FatturaElettronicaHeader>
   </p:FatturaElettronica>
</root>';                                                                       
$xml = simplexml_load_string($string);

echo $xml->asXML() ."\r\n";

这应该与格式良好的xml相呼应。