我不知道waypoints插件在做什么，但是我已经重构了你的代码，它对我来说是有效的。注意，我去掉了对.waypoints的调用，并将你的$（'body'）.click（）处理程序更改为导航链接元素上更具体的处理程序。这个处理程序将滚动到每个元素，然后在滚动完成时正确地执行类的删除和添加：

$(document).ready(function()
{

    function highlightNav(navElement){
        $("#navigation a").removeClass('active');
        navElement.addClass('active');
    }

    $('#navigation a').click(function(event){
        var nav = $(this);
        var id = nav.attr('href');
        $.scrollTo(id, 1000, {
            offset: { top: -75 },
            axis: 'y',
            onAfter: function(){
                highlightNav(nav);
            }
        });
        return false;
    });

    $(window).scroll(function(){
        if($(this).scrollTop() == 0){
            highlightNav($("#navigation a[href*='home']"));
        } 
    });

    $.fn.waypoint.defaults.offset = 75;
    $('.section h1.page_name').waypoint(function() {
        var id = this.id;
        var op = $('#navigation a[href = "#' + id + '"]');
        if (op.length) {
            highlightNav(op);
        }
    });

    // Fancybox
    $("a.zoom").fancybox({
        'overlayShow'    : false,
        'transitionIn'    : 'elastic',
        'transitionOut'    : 'elastic'
    });
    $("a.outside_shade").fancybox({
        'titlePosition'        : 'outside',
        'overlayColor'        : '#000',
        'overlayOpacity'    : 0.9
    });
    $("a.inside_white").fancybox({
        'titlePosition'    : 'inside'
    });
    $("a.inside_shade").fancybox({
        'titlePosition'    : 'over'
    });

    // validation
    $("form").validate();

    // nivo slider
    $('#slider').nivoSlider();
});

在html中，我向第一个链接添加了一个默认的活动类：

<div id="navigation">
    <ul>
        <li><a href="#home" class="active">Home</a></li>
        <li><a href="#portfolio">Portfolio</a></li>
        <li><a href="#who">Who Are We?</a></li>
        <li><a href="#service">Our Services</a></li>
        <li><a href="#features">Features</a></li>
        <li><a href="#contact">Keep in Touch</a></li>
    </ul>
</div>

我还注意到在调用reset.css之前，你已经在页面上定义了你的css。这通常是一个糟糕的做法，你可能想确保reset.css总是第一个被拉入的css文件。它似乎没有对页面产生太大影响，但有时你会得到奇怪的结果。
我在这里对结果做了一个简单的处理：http://jsfiddle.net/RNsFw/2/
我认为这个插件不再需要了。我没有修改fancybox或者验证的东西，因为我不确定它们在做什么，这也不是你的问题。
我在Firefox和Chrome中测试过，有问题就告诉我：）

http://jsfiddle.net/vCgy8/9/
这将删除对scrollTo和航点插件的依赖性。

$('body').click(function(event)
         {
          if(event.target.nodeName.toLowerCase() == 'a')
          {
           var op = $(event.target);
           var id = op.attr('href');
           if(id.indexOf('#') == 0)
           {

            destination = $(id).offset().top;
            $("html:not(:animated),body:not(:animated)").animate({ scrollTop: destination}, 1000, function() {
                var hash = id.split('#')[1];
                window.location.hash = hash;
            });

           }
           return false;
          }
         });

          $(window).scroll(function (event){
            makeActive();
         });

         function makeActive(){
            var y = $(this).scrollTop();
            if(y!==0){
                $('.page_name').each(function(){
                    var curPos = parseInt($(this).offset().top - y);
                    if(curPos <= 0){
                        var op = $('#navigation a[href = "#'+$(this).attr('id')+'"]');

                        $("#navigation a").removeClass("active");
                        op.addClass('active');
                    }
                });
            }else{
                $("#navigation a").removeClass("active");
                $("#navigation a:first").addClass('active');
            }
         }

         makeActive();

这可能是完全不相关的，但我昨天遇到了类似的问题-在事件处理程序的回调中，jQuery操作不在该范围内执行，但如果您将代码放入以下内容：

setTimeout(function() {
    $(selector).addClass('foo');
}, 0);

它将工作-类似于$.animate()如何工作（ish），如果您调用$(selector).stop().animate()而queue参数不为false，例如：

$(selector).stop();
$(selector).animate({ foo }, { no queue:false here });
// ^ fail

$(selector).stop();
setTimeout(function() {
    $(selector).animate({ foo }, { no queue:false here either });
}, 0);
// ^ success

这个问题与上面的例子完全无关，尽管在行为/功能上类似，但结果是绑定的方法-在我的例子中，我一直使用$.bind()-但后来我将其重构为使用$.delegate()（$.live()也可以工作），它按预期运行。
同样，我不确定这是否相关，但我想我还是把它传沿着以防万一。不确定这是一个bug还是只是我没有正确理解jQuery的一些微妙部分。

问题不在于你的js代码，而在于你的css/页面布局。
或者问题可能是你正在使用航点插件，而你可能不想在这个特定的页面上使用（正如你将看到的，一旦你离开它，你也很难再次点击“主页”航点，因为你使用的偏移量。）
问题是，直到你滚动到的目标元素位于浏览器窗口的最顶端时，导航点插件才会触发。“保持联系”永远不会到达顶端，除非你的浏览器窗口足够小，以至于“保持联系”部分占据了整个浏览器窗口（减去偏移量）。
您可以在这里看到它的可视化效果：