我使用R从NCBI获取生物信息资源。最近几个月，我做这件事的能力变得越来越不稳定。今天，我通常无法运行下面的代码：
readr::read_tsv("https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/H_sapiens/Homo_sapiens.gene_info.gz")并得到错误：
Error in open.connection(3L, "rb") :
Could not resolve host: ftp.ncbi.nlm.nih.gov但有时候（甚至是今天偶尔），这是可行的。我知道服务器是启动的（我可以从浏览器下载这个文件），但这只是一个例子（也是最简单的），许多事情不能持续工作。我也认为服务器没有过载，因为错误会立即返回给我，没有任何超时消息。
我能做些什么来提高一致性吗？
R version 4.2.2 (2022-10-31)
Platform: x86_64-apple-darwin21.6.0 (64-bit)
Running under: macOS Monterey 12.6
Matrix products: default
BLAS: /usr/local/Cellar/openblas/0.3.21/lib/libopenblasp-r0.3.21.dylib
LAPACK: /usr/local/Cellar/r/4.2.2/lib/R/lib/libRlapack.dylib
locale:
[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
other attached packages:
[1] devtools_2.4.5 usethis_2.1.6
loaded via a namespace (and not attached):
[1] Rcpp_1.0.9 pillar_1.8.1 compiler_4.2.2 later_1.3.0
[5] urlchecker_1.0.1 prettyunits_1.1.1 profvis_0.3.7 remotes_2.4.2
[9] tools_4.2.2 bit_4.0.5 digest_0.6.31 pkgbuild_1.4.0
[13] pkgload_1.3.2 tibble_3.1.8 memoise_2.0.1 lifecycle_1.0.3
[17] pkgconfig_2.0.3 rlang_1.0.6 shiny_1.7.3 cli_3.4.1
[21] curl_4.3.3 parallel_4.2.2 fastmap_1.1.0 withr_2.5.0
[25] stringr_1.5.0 fs_1.5.2 htmlwidgets_1.5.4 vctrs_0.5.1
[29] hms_1.1.2 tidyselect_1.2.0 bit64_4.0.5 glue_1.6.2
[33] R6_2.5.1 processx_3.8.0 fansi_1.0.3 vroom_1.6.0
[37] sessioninfo_1.2.2 tzdb_0.3.0 callr_3.7.3 purrr_0.3.5
[41] readr_2.1.3 magrittr_2.0.3 ps_1.7.2 promises_1.2.0.1
[45] ellipsis_0.3.2 htmltools_0.5.4 mime_0.12 xtable_1.8-4
[49] httpuv_1.6.7 utf8_1.2.2 stringi_1.7.8 miniUI_0.1.1.1
[53] cachem_1.0.6 crayon_1.5.2
1条答案
按热度按时间eqqqjvef1#
谢谢你的帮助！重新设置我的路由器没有帮助，但我尝试直接使用curl，并击中了同样的错误。我可以通过Opera浏览器，但不能通过Chrome或Safari浏览器访问此文件。对于这些，我得到了这个错误：
我最终通过刷新DNS缓存解决了这个问题：
这似乎暂时有帮助，所以我手动更改了DNS服务器，如步骤3 here中所述，这似乎更好。
由于这是一个间歇性的问题（最近更多的存在比没有），它仍然有待观察，如果这完全修复它，但到目前为止一切顺利。