更新：现在可以在LINQPad中执行跨数据库SQL Server查询（从LINQPad v4.31开始，使用LINQPad Premium许可证）。要使用此功能，请按住Ctrl键，同时将数据库从架构资源管理器拖到查询窗口。

还可以查询 * 链接服务器 *（您通过调用sp_add_linkedserver链接的服务器）。
1.添加新的LINQ到SQL连接。
1.选择指定新数据库或现有数据库并选择要查询的主数据库。
1.单击包括其他数据库复选框，然后从列表中选择链接服务器。

请记住，您始终可以自己创建另一个上下文。

public FooEntities GetFooContext()
{
   var entityBuilder = new EntityConnectionStringBuilder        
               {        
                    Provider = "Devart.Data.Oracle",        
                    ProviderConnectionString = "User Id=foo;Password=foo;Data Source=Foo.World;Connect Mode=Default;Direct=false",
                    Metadata = @"D:\FooModel.csdl|D:\FooModel.ssdl|D:\FooModel.msl"     
                };

    return new FooEntities(entityBuilder.ToString());
}

您可以根据需要示例化任意数量的上下文以使其与不同的SQL示例相关联，并执行伪跨数据库连接、复制数据等。请注意，跨上下文连接是在本地执行的，因此您必须调用ToList（），指向数组（）等，以便在连接之前使用它们各自的数据源单独执行查询。换句话说，如果您将DB1.TABLE1中的10行与DB2.TABLE2中的20行进行“内部”连接，在Linq执行连接并返回相关/相交集（每个示例最多20行）之前，必须将两个集（全部30行）拉入本地计算机的内存中。

//EF6 context not selected in Linqpad Connection dropdown
var remoteContext = new YourContext();
remoteContext.Database.Connection.ConnectionString = "Server=[SERVER];Database="
+ "[DATABASE];Trusted_Connection=false;User ID=[SQLAUTHUSERID];Password=" 
+ "[SQLAUTHPASSWORD];Encrypt=True;";
remoteContext.Database.Connection.Open();
var DB1 = new Repository(remoteContext);

//EF6 connection to remote database
var remote = DB1.GetAll<Table1>()
    .Where(x=>x.Id==123)
    //note...depending on the default Linqpad connection you may get 
    //"EntityWrapperWithoutRelationships" results for 
    //results that include a complex type.  you can use a Select() projection 
    //to specify only simple type columns
    .Select(x=>new { x.Col1, x.Col1, etc... })
    .Take(1)
    .ToList().Dump();  // you must execute query by calling ToList(), ToArray(),
              // etc before joining

//Linq-to-SQL default connection selected in Linqpad Connection dropdown
Table2.Where(x=>x.Id = 123)
    .ToList() // you must execute query by calling ToList(), ToArray(),
              // etc before joining
    .Join(remote, a=> a.d, b=> (short?)b.Id, (a,b)=>new{b.Col1, b.Col2, a.Col1})
    .Dump();
        
remoteContext.Database.Connection.Close();
remoteContext = null;

我认为您无法做到这一点。请参见this LinqPad request.
但是，您可以在单独的dll中构建多个dbml文件，并在LinqPad中引用它们。

拖放方法：按住Ctrl键，同时将其他数据库从架构管理器拖到查询编辑器。
使用案例：

//Access Northwind

var ID = new Guid("107cc232-0319-4cbe-b137-184c82ac6e12");

LotsOfData.Where(d => d.Id == ID).Dump();

//Access Northwind_v2

this.NORTHWIND_V2.LotsOfData.Where(d => d.Id == ID).Dump();

据我所知，多个数据库只在LinqPad的“付费”版本中可用（我所写的适用于LinqPad 6 Premium）。
有关详细信息，请参见this answer in StackOverflow（第节“多数据库支持”）。