如果你在每次替换的时候都创建一个新的完整的String，你会遇到一些问题。你可以尝试使用Matcher中的helper方法来构建一个StringBuffer。对于大的输入，这会更快：

String text = " value 1 = #value1 and value 2 = #value2 ";
int[] intArray = new int[] { 4, 5 };
Pattern p = Pattern.compile("#value(\\d+)");
Matcher m = p.matcher(text);
StringBuffer result = new StringBuffer();
while (m.find()) {
    m.appendReplacement(result, String.valueOf(intArray[Integer.parseInt(m.group(1)) - 1]));
}
m.appendTail(result);
System.out.println(result.toString());

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许多人指出StringBuilder更适合这项工作，我同意，但不幸的是MatcherAPI不接受StringBuilder作为appendReplacement()和appendTail()方法的参数。

有大量的模板/表达式语言引擎可以帮助您解决这个问题，Velocity和Freemaker也可以解决这个问题，但是对于这个相当简单的任务来说，它们可能太重了。
正如@Keppil（+1）提到的，最简单的方法是使用regexp，正确的代码需要O（n）时间。
仅供参考，对于更复杂的情况，你可以检查Apache Jexl library。是相当轻，有明确和简单的API。你的情况可以解决以下代码：

JexlEngine jexl = new JexlEngine();
    Expression expression = jexl.createExpression("value 1 = #value1 value 2 = #value2");
    int[] values = {1, 2};
    JexlContext context = new MapContext();
    for (int i = 0; i <  values.length; i++) {
        context.set("#value" + (i + 1), values[i]);
    }
    String result = (String)expression.evaluate(context);

使用静态的String.format(String format, Object... args)方法来格式化带有特定参数的字符串。
要了解有关如何正确创建有效模板字符串的详细信息，请参阅此文档：http://docs.oracle.com/javase/1.5.0/docs/api/java/util/Formatter.html#detail

Java可能会有字符串模板（可能来自版本21）。
参见the string templates proposal (JEP 430) here。
它将是这样的：

String name = "John";
String info = STR."I am \{name}";
System.out.println(info); // I am John

P.S. Kotlin可以100%与Java互操作，它支持更干净的字符串模板：

val name = "John"
val info = "I am $name"
println(info) // I am John

与extension functions结合使用，可以实现与Java模板处理器（例如STR）相同的功能。