如何在R上安装install_github函数？

mrphzbgm 于 2022-12-25 发布在 Git

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我正在尝试使用一个工作示例中的github包。我使用了建议的方法
here以使install-github工作

library(devtools)
library(httr)
set_config(config(ssl_verifypeer = 0L))
install.packages("install_github")
install_github("ggbiplot", "vqv")

我收到一条警告，将我重定向到R website安装页面，然后出现错误Error in parse_repo_spec(repo) : Invalid git repo specification: 'ggbiplot'
最后，我想运行这段代码

# Load data
data(iris)
log.ir <- log(iris[, 1:4])
ir.species <- iris[, 5]

#PCA
ir.pca <- prcomp(log.ir,
                 center = TRUE,
                 scale. = TRUE) 
#Plot
g <- ggbiplot(ir.pca, obs.scale = 1, var.scale = 1, 
              groups = ir.species, ellipse = TRUE, 
              circle = TRUE)
g <- g + scale_color_discrete(name = '')
g <- g + theme(legend.direction = 'horizontal', 
               legend.position = 'top')
print(g)

来源：https://stackoverflow.com/questions/74889964/how-to-install-install-github-function-on-r

1条答案

按热度按时间

plicqrtu1#

你需要user/repo语法来指定repo，因为GitHub上有多个名为ggbiplot的包--R包有157个fork，你必须告诉R你想要哪个：

library(devtools)

install_github('vqv/ggbiplot')
#> Downloading GitHub repo vqv/ggbiplot@HEAD

library(ggbiplot)

现在我们可以运行您的代码：

data(iris)
log.ir <- log(iris[, 1:4])
ir.species <- iris[, 5]

#PCA
ir.pca <- prcomp(log.ir,
                 center = TRUE,
                 scale. = TRUE) 
#Plot
g <- ggbiplot(ir.pca, obs.scale = 1, var.scale = 1, 
              groups = ir.species, ellipse = TRUE, 
              circle = TRUE)
g <- g + scale_color_discrete(name = '')
g <- g + theme(legend.direction = 'horizontal', 
               legend.position = 'top')
print(g)

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