我正在使用panda/python将DataFrame保存为HDFStore格式。当我应用 my_data_frame.to_hdf(arguments...) 命令时,我收到一条错误消息:警告!*HDF 5库版本不匹配错误并且我的程序停止。
我在Windows 7(64位)上工作,使用Python 3.5.2:Anaconda 4.1.1(64位)。
我一直在阅读这个错误信息,正如它所说,这是一个问题之间的HDF 5版本安装在我的电脑和一个使用的Anaconda.根据this后,一个简单的***“conda install -c anaconda hdf 5 =1.8.18”***可以解决我的问题,但我仍然有相同的消息错误.
谢谢你们的帮助。
这里我把错误的完整日志:
Warning! ***HDF5 library version mismatched error***
The HDF5 header files used to compile this application do not match
the version used by the HDF5 library to which this application is linked.
Data corruption or segmentation faults may occur if the application continues.
This can happen when an application was compiled by one version of HDF5 but
linked with a different version of static or shared HDF5 library.
You should recompile the application or check your shared library related
settings such as 'LD_LIBRARY_PATH'.
You can, at your own risk, disable this warning by setting the environment
variable 'HDF5_DISABLE_VERSION_CHECK' to a value of '1'.
Setting it to 2 or higher will suppress the warning messages totally.
Headers are 1.8.15, library is 1.8.18
SUMMARY OF THE HDF5 CONFIGURATION
=================================
General Information:
-------------------
HDF5 Version: 1.8.18
Configured on: 2017-05-31
Configured by: NMake Makefiles
Configure mode: CMAKE 3.8.0
Host system: Windows-6.3.9600
Uname information: Windows
Byte sex: little-endian
Libraries:
Installation point: C:/bld/hdf5_1496269860661/_b_env/Library
Compiling Options:
------------------
Compilation Mode: RELEASE
C Compiler: C:/Program Files (x86)/Microsoft Visual Studio
14.0/VC/bin/amd64/cl.exe
CFLAGS: /DWIN32 /D_WINDOWS /W3
H5_CFLAGS:
AM_CFLAGS:
CPPFLAGS:
H5_CPPFLAGS:
AM_CPPFLAGS:
Shared C Library: YES
Static C Library: YES
Statically Linked Executables: OFF
LDFLAGS: /machine:x64
AM_LDFLAGS:
Extra libraries: C:/bld/hdf5_1496269860661/_b_env/Library/lib/z.
lib
Archiver:
Ranlib:
Debugged Packages:
API Tracing: OFF
Languages:
----------
Fortran: OFF
Fortran Compiler:
Fortran 2003 Compiler:
Fortran Flags:
H5 Fortran Flags:
AM Fortran Flags:
Shared Fortran Library: YES
Static Fortran Library: YES
C++: ON
C++ Compiler: C:/Program Files (x86)/Microsoft Visual Studio
14.0/VC/bin/amd64/cl.exe
C++ Flags: /DWIN32 /D_WINDOWS /W3 /GR /EHsc
H5 C++ Flags:
AM C++ Flags:
Shared C++ Library: YES
Static C++ Library: YES
Features:
---------
Parallel HDF5: OFF
High Level library: ON
Threadsafety: ON
Default API Mapping: v18
With Deprecated Public Symbols: ON
I/O filters (external): DEFLATE
MPE:
Direct VFD:
dmalloc:
Clear file buffers before write: ON
Using memory checker: OFF
Function Stack Tracing: OFF
Strict File Format Checks: OFF
Optimization Instrumentation:
9条答案
按热度按时间sy5wg1nm1#
尝试卸载h5py模块并重新安装。这为我修复了它
1.第一个月
pip install h5py
1qczuiv02#
然后,您的错误信息显示您需要安装
1.8.15
版本。c2e8gylq3#
由于某种原因,用conda卸载然后用conda重新安装hdf5是不起作用的,但是如果你用pip卸载然后用conda安装hdf5,它是起作用的。
所以试试看:
quhf5bfb4#
我在macOS上唯一能用的程序是创建一个virtualenv:
其他的都不管用!
您可能需要一个
brew install hdf5
没有帮助github问题:
https://github.com/h5py/h5py/issues/1068
yhived7q5#
如果有人遇到这个问题,并且使用
pip
或conda
或任何东西卸载都不起作用:我检查了每个/lib
路径,手动删除了libhdf5*
文件,然后用macports
安装了hdf5
。xxls0lw86#
我的情况是微不足道的,不需要任何安装:我使用
cmd
从conda
环境启动了spyder
和IPython
控制台:然后我用
conda
升级了cmd
中的env
。然而,在同一个IPython
控制台中运行我的代码后,我得到了一个类似的错误消息。所需要的只是重新启动spyder
和相应的IPython
控制台。我想这会一致地重新加载包。k2fxgqgv7#
我尝试了所有的方法,但只有一种完全有效-
这将强制安装-通过升级或降级-你的hdf 5。这反过来将卸载它的keras,当你重新安装keras升级hdf 5。
eni9jsuy8#
您可以强制自定义安装特定的软件包版本:
或
sc4hvdpw9#
因为我在Debian上的hdf 5库并不像pip 3想象的那么新,它帮助我使用apt作为根目录安装python3-h5 py包,而不是通过pip 3在本地安装。