输入:
#---> List .cel files
library(oligo)
celpath = "C:/Users/Downloads/GSE98640_RAW.zip"
celFiles <- list.celfiles("celpath", full.name = TRUE)
#---> Read .cel files
data_raw_cel <- read.celfiles(celFiles)
data_raw_cel之后的输出:
All the CEL files must be of the same type.
Error in read.celfiles(celFiles) :
checkChipTypes(filenames, verbose, "affymetrix", TRUE) is not TRUE
有人知道如何解决这个问题吗?CEL文件无法读取,我不明白CEL文件必须是同一类型意味着什么。
目录中列出的实际CEL文件都是. cel文件,所以我不确定。
2条答案
按热度按时间iibxawm41#
这不是一个完整的答案,因为我从来没有使用过oligoClass包。
但是你的celpath似乎指向了一个文件而不是路径,我猜
celFiles
是一个长度为0的向量,从路径中删除文件名,看看会发生什么。read.celfiles
也可以处理压缩文件吗?从文档中看,它似乎可以处理gzip压缩文件-但这是你所拥有的吗?e4yzc0pl2#
首先你应该输入
unzip the zip file
,然后检查文件的模式是以.CEL
还是.CEL.gz
结尾。如果扩展名为
.gz
,则以下内容将有所帮助: