R语言 阅读CEL文件时出错,“所有CEL文件必须为同一类型”

68de4m5k  于 2023-01-06  发布在  其他
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输入:

#---> List .cel files

    library(oligo)

    celpath = "C:/Users/Downloads/GSE98640_RAW.zip"
    
    celFiles <- list.celfiles("celpath", full.name = TRUE)
    
    #---> Read .cel files
    data_raw_cel <- read.celfiles(celFiles)

data_raw_cel之后的输出:

All the CEL files must be of the same type.
Error in read.celfiles(celFiles) : 
  checkChipTypes(filenames, verbose, "affymetrix", TRUE) is not TRUE

有人知道如何解决这个问题吗?CEL文件无法读取,我不明白CEL文件必须是同一类型意味着什么。
目录中列出的实际CEL文件都是. cel文件,所以我不确定。

iibxawm4

iibxawm41#

这不是一个完整的答案,因为我从来没有使用过oligoClass包。
但是你的celpath似乎指向了一个文件而不是路径,我猜celFiles是一个长度为0的向量,从路径中删除文件名,看看会发生什么。
read.celfiles也可以处理压缩文件吗?从文档中看,它似乎可以处理gzip压缩文件-但这是你所拥有的吗?

e4yzc0pl

e4yzc0pl2#

首先你应该输入unzip the zip file,然后检查文件的模式是以.CEL还是.CEL.gz结尾。
如果扩展名为.gz,则以下内容将有所帮助:

affyRaw <- read.celfiles(list.files(pattern = '*CEL.gz', full.names = TRUE))

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