如何调整R中DoHeatmap图的簇大小(列)？

3b6akqbq 于 2023-01-06 发布在其他

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我想要一个来自Seurat对象data的热图。

visium_x22117 = Load10X_Spatial(data.dir = "~/PhD_Project_Moh_Huda/Dataset_files/X22117_Visium_scRNA/", filename = "X22117_filtered_feature_bc_matrix.h5")
suppressWarnings({visium_x22117 = SCTransform(visium_x22117, assay = "Spatial", verbose = FALSE)

可视化_x22117}）
为了得到下面的图我试过

visium_x22117.markers %>%
group_by(cluster) %>%
top_n(n = 10, wt = avg_log2FC) -> top10
heatmap = DoHeatmap(visium_x22117, features = top10$gene)
heatmap

然而，图看起来很拥挤，聚类0的列大小比其他的大得多。我已经使用？DoHeatmap检查了DoHeatmap的文档，但找不到一种方法来调整大小，使图看起来更漂亮。我如何使它更漂亮？

来源：https://stackoverflow.com/questions/75007545/how-to-adjust-the-cluster-size-column-in-doheatmap-plot-in-r

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按热度按时间

a11xaf1n1#

您可以将theme与ggplot2中的axis.text一起使用，因为DoHeatmap返回ggplot对象。下面是一个可重复的示例，用于更改轴标签的大小（您可以调整大小）：

library(Seurat)
#> Attaching SeuratObject
library(ggplot2)
data("pbmc_small")
p <- DoHeatmap(object = pbmc_small)
p

p + theme(axis.text=element_text(size=2))

创建于2023年1月4日，使用reprex v2.0.2

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