这主要取决于在您的环境中将mathlab或其他数学引擎包含在您的产品中的容易程度。如果这很容易，我建议使用mathlab，但如果不容易，例如您有许可问题或部署问题，您可能更好地只使用普通Java代码。

您可能还需要考虑R language。

我会搜索一个专门用于管道计算的软件。这个问题已经解决了。（正如你所注意到的，计算并不困难。）至少我会建议你知道你可以使用什么，它的成本是多少，以及开发成本的盈亏平衡点在哪里。
一个商业产品比你写的任何东西都有一个巨大的优势：它会有一个更大的用户社区，他们会在比你的原型更长的时间里一直在敲打它，发现bug，这也是有价值的。
你的机会成本是多少？你还能利用开发时间做些什么来增加收入？

别忘了numpy和scipy，它们都允许你从Python调用快速矩阵库。

我有一些使用Matlab和Java编写科学/工程类代码的经验。是的，Java用于真实世界的科学和工程代码，是的，有一些库可用。你当然可以用它们来做你想做的事情，所以我不确定你是否可以仅仅根据你当前的需求来区分这两者。我会问自己以下问题：
1.我在编程高级数学运算方面有多好？比如函数最小化、微分方程求解器、矩阵代数。如果答案是“不是很好”，那就求助于Matlab，它会提供所有这些开箱即用的运算（尽管您可能需要额外的工具箱）。如果您选择Java，请确保您非常熟悉浮点运算，并处理在使用它时发生的各种错误。
1.我是想用Java编写所有的代码，还是用Matlab编写所有的代码，或者我很乐意同时使用这两种语言，并在Matlab引擎上与JavaGUI搏斗？我认为您可以做得更好（在模糊的意义上）使用Java的GUI比使用Matlab的GUI多，但是Matlab的GUI工具对于大多数用户来说已经足够好了，因此不值得处理将Matlab与Java集成所增加的复杂性。但许多Matlab用户并不是软件工程师。
1.我需要什么样的开发速度来完成原型工作呢？如果你在Java和Matlab方面同样熟练，那么我想你在Matlab中可以做得更快，因为已经提供了数值方面的东西，你可以专注于GUI。但是如果你是一个熟练的Java程序员，刚刚开始使用Matlab，你可能会决定坚持你所知道的。
1.如果原型成功，我将如何开发和部署生产应用程序？如果Matlab不适合您的部署想法，那么学习它并忘记它可能没有什么好处。
最后，由于您寻求其他语言建议：忘记Java，忘记Matlab，忘记Python，忘记R，使用Mathematica，它更有趣，也更强大。

这听起来像是Matlab的工作：你没有给予任何不使用它的理由。这里有一些用Java计算Matlab表达式的代码：http://www.cs.virginia.edu/~whitehouse/matlab/JavaMatlab.html

我曾经做过一些工作，我不得不在Java中重新实现Matlab代码，所以这当然是可能的。由于Matlab能够直接操作矩阵/数组等，因此Java代码与Matlab原始代码相比可能会非常冗长。
您可能需要查看一些数学库，看看它们是否支持您正在寻找的功能：

• Commons Math
• Colt
• JSci

我想Java将是一个不错的选择，尽管它不被认为是用于快速应用程序开发的典型语言。
优点：

• 标准库（Swing）中用于桌面应用程序的通用GUI工具包，
• （相对）跨平台，
• 强大的库，例如Apache;一个很棒的数学库应该是colt对于图表和示意图，您可能喜欢jfreechart。

缺点：

• "不那么快"的原型制作能力

进一步阅读：

• Technical Java: Applications for Science and Engineering

Python有几个不错的GUI工具包以及NumPy，编写起来既简单又有趣。