第一：外键关系不仅仅是用来导航的。它们主要是用来确保关系中没有引入虚假的值。它们还可以帮助数据库进行查询优化。我建议您重新考虑这一点。
无论如何，要创建一个使用几个不相关实体的查询，需要将它们作为from（root）实体放置（就像在SQL或JPQL中所做的那样）

SELECT .... FROM Link l, Training t WHERE l.attribute = t.attribute;

Root<Link> rootLink = criteriaQuery.from(Link.class);
Root<Training> rootTraining = criteriaQuery.from(Training.class);
...
criteriaQuery.where(
    criteriaBuilder.equal(rootLink.get(link_.linkAttribute), trainingLink));

从Hibernate 5.1开始，您可以在使用JPQL和HQL时连接不相关的实体：

Tuple postViewCount = entityManager.createQuery(
    "select p as post, count(pv) as page_views " +
    "from Post p " +
    "left join PageView pv on p.slug = pv.slug " +
    "where p.title = :title " +
    "group by p", Tuple.class)
.setParameter("title", "Presentations")
.getSingleResult();

但是，此功能在Criteria API中不可用，因为它需要API扩展。

解决方案

虽然您可以尝试使用两个Root对象并通过WHERE子句 predicate 模拟INNER JOIN，但生成的SQL不是解决此问题的最佳方法。
您应该考虑使用jOOQ，因为除了能够以任何可能的方式连接表之外，如果将生成的SQL查询传递给JPAcreateNativeQuery方法，还可以获取实体。

最新的JPA规范（2.1）未涵盖不相关实体的连接
但是Hibernate 5.1.0+和EclipseLink 2.4.0+支持临时连接。http://blog.anthavio.net/2016/03/join-unrelated-entities-in-jpa.html
另一种可能是原生查询http://www.oracle.com/technetwork/articles/vasiliev-jpql-087123.html

您可以使用Blaze-persistence的JPA Criteria实现，它可以转换为JPQL/HQL，并提供该特性作为JPA Criteria API的扩展。
在自述文件中查找“Blaze-Persistence JPA-Criteria模块依赖项”：https://github.com/Blazebit/blaze-persistence/blob/master/README.md
然后使用BlazeCriteriaBuilder cb = BlazeCriteria.get(criteriaBuilderFactory)，最后使用blazeCriteriaQuery.getCriteriaBuilder(entityManager)呈现JPA Criteria Query对象。

可以为连接查询创建视图，并为该视图创建实体，JpaRepository的使用与表的实体使用类似，如果需要动态构建where子句，也可以在视图实体之上构建

当遇到上述复杂情况时，最好使用好的JPQL/原生查询。一旦有人谈到连接或复合主键，条件查询往往会变得超级复杂和低效，所有JoinColumns，JoinTable，PrimaryKeyJoinColumn等的jpa实体Map也是如此。