我的团队没有使用org.xolstice.maven.plugins:protobuf-maven-plugin，而是使用**com.github.os72:protoc-jar-maven-plugin**来生成消息类。我相信它们是相同的，因为在引擎盖下，它们似乎都在使用Google的工具。
我没有在这个插件中使用任何m2e连接器（编辑：protoc-jar-maven-plugin的m2e连接器是捆绑在一起的，所以不需要额外的安装，这就是为什么看起来我没有使用一个，但 * 技术上 * 我使用了，但这并不重要）不幸的是，.proto文件中的更改不会“自动”传播到生成的.java文件中，您需要手动运行Maven或触发在Eclipse中构建的项目（下面的说明），但幸运的是，target/generated-sources文件没有消失或清空或任何像您描述的奇怪的事情。
如果你想从.proto类重建.java文件，而不使用命令行中的mvn clean compile，你可以清理Eclipse项目：项目→清理... →选择你的项目→选择构建选项（只有当你取消选中项目菜单中的“自动构建”时才会显示）。
我能够在最新的Eclipse neon 中做到这一点（它可能在以后的版本中也能工作，但我不确定）。
下面是我正在使用的POM。我不认为它需要任何特殊的解释，我的解决方案是简单地使用一个不同的插件比你正在使用。（如果需要一些解释，我会很乐意提供它虽然。）

<project xmlns="http://maven.apache.org/POM/4.0.0" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance"
    xsi:schemaLocation="http://maven.apache.org/POM/4.0.0 http://maven.apache.org/xsd/maven-4.0.0.xsd">
    <modelVersion>4.0.0</modelVersion>
    <groupId>io.github.jacksonbailey</groupId>
    <artifactId>protobuf-m2e-sample</artifactId>
    <version>0.1.0-SNAPSHOT</version>
    <dependencies>
        <dependency>
            <groupId>com.google.protobuf</groupId>
            <artifactId>protobuf-java</artifactId>
            <version>3.1.0</version>
        </dependency>
    </dependencies>
    <build>
        <plugins>
            <plugin>
                <groupId>com.github.os72</groupId>
                <artifactId>protoc-jar-maven-plugin</artifactId>
                <version>3.1.0.1</version>
                <executions>
                    <execution>
                        <phase>generate-sources</phase>
                        <goals>
                            <goal>run</goal>
                        </goals>
                        <configuration>
                            <protocVersion>3.1.0</protocVersion>
                            <inputDirectories>
                                <include>src/main/resources</include>
                            </inputDirectories>
                        </configuration>
                    </execution>
                </executions>
            </plugin>
        </plugins>
    </build>
</project>

适用于protobuf-maven-plugin

感谢谢尔盖-伊万诺夫在https://github.com/xolstice/protobuf-maven-plugin/issues/16中的回答，这给出了链接https://github.com/trustin/os-maven-plugin#issues-with-eclipse-m2e-or-other-ides：
需要下载os-maven-plugin-x.x.x.Final.jar（版本与www.example.com中的版本相同pomx.ml）并将其放入<ECLIPSE_HOME>/plugins目录。
之后Eclipse将在项目清理时生成源代码，包括在Maven -更新项目...（Alt+F5）之后，但不在项目-〉构建（或使用默认的自动构建）之后。
是的，这不合逻辑：

Project - Clean将生成并编译Java源代码

但是

项目-生成不会。

P.S.升高Bug 507412

eclipse和vscode都可以在修改时自动编译proto。

<plugin>
                <groupId>kr.motd.maven</groupId>
                <artifactId>os-maven-plugin</artifactId>
                <version>1.6.2</version>
                <executions>
                    <execution>
                        <phase>initialize</phase>
                        <goals>
                            <goal>detect</goal>
                        </goals>
                    </execution>
                </executions>
            </plugin>
            <plugin>
                <groupId>org.xolstice.maven.plugins</groupId>
                <artifactId>protobuf-maven-plugin</artifactId>
                <version>0.6.1</version>
                <configuration>
                    <protocArtifact>com.google.protobuf:protoc:3.12.0:exe:${os.detected.classifier}</protocArtifact>
                    <pluginId>grpc-java</pluginId>
                    <pluginArtifact>io.grpc:protoc-gen-grpc-java:1.32.1:exe:${os.detected.classifier}</pluginArtifact>
                </configuration>
                <executions>
                    <execution>
                        <goals>
                            <goal>compile</goal>
                            <goal>compile-custom</goal>
                        </goals>
                    </execution>
                </executions>
            </plugin>
            <plugin>
                <groupId>org.apache.maven.plugins</groupId>
                <artifactId>maven-compiler-plugin</artifactId>
                <version>3.8.1</version>
                <configuration>
                    <source>8</source>
                    <target>8</target>
                    <encoding>UTF-8</encoding>
                </configuration>
            </plugin>

See: https://github.com/trustin/os-maven-plugin#issues-with-eclipse-m2e-or-other-ides