它与Array fill的行为有关。当你传递一个对象（在本例中是一个空数组）作为参数时，你所有的元素都有相同的引用。
See: https://developer.mozilla.org/en-US/docs/Web/JavaScript/Reference/Global_Objects/Array/fill#value

数组是一个对象..您正在使用相同的对象填充数组并推送到相同的对象引用

let input = new Array();
let data = [[0,1],[3,2],[2,1]];
for(let i = 0; i < data.length; i++){
   input[key] = input[key] || [];
   const key = data[i][1]
   const value = data[i][0]
   input[key].push(value)
}
console.log(input)

您已经用***相同的***空数组填充了数组
你可以这样想

const a = []
const b = new Array(4).fill(a)

A被插入到数组中四次，并且B的任何索引都是对A的引用。

在input变量中填充的数组是相同的，当你改变其中一个数组时，你也会改变所有链接的数组。你可以在这里阅读更多关于它的信息：https://javascript.info/object-copy

let input = new Array(4).fill([]);
let a = []
let b = []
let c = a

console.log(input[0] === input[1]) ---> true
console.log(a === b) ---> false
console.log(a === c) ---> true