我找到了解决办法。
source ~/.pyenv/versions/VERSION/bin/virtualenvwrapper.sh每次都能工作。
由于某些原因，你不能使用shims目录。也许是因为virtualenvwrapper可能安装在pyenv版本目录中。如果你使用shims目录，当用pyenv切换版本时，该链接可能会断开。最好直接访问它。

我在MacOS（10.12.6）上也看到了同样的情况。
对我来说，关闭/结束终端窗口的.zshrc条目是：

source $HOME/.pyenv/shims/virtualenvwrapper.sh

我还想知道为什么会发生这种情况，以及如何解决它。

我已经在不同的机器上遇到过这个问题好几次了，虽然我不完全理解为什么会发生这个问题，但我已经找到了解决这个问题的方法。
这个问题似乎是由于正在使用的python版本和用于安装virtualenvwrapper的pip版本不匹配。我一直使用python（2.7）的系统安装，但pip版本是python 3.5的。
要解决此问题，请使用this answer中的建议，如下所示：

python -m pip install virtualenvwrapper

然后您可以source /path/to/virtualenvwrapper.sh，一切都应该正常工作。

Sean Combs ' answer对我也适用，但是我不想硬编码一个特定的python版本，所以我使用grep动态地构建到virtualenvwrapper.sh的路径。

export VIRTUALENVWRAPPER_PYTHON=$HOME/.pyenv/shims/python
source $HOME/.pyenv/versions/$($VIRTUALENVWRAPPER_PYTHON -V 2>&1 | grep -Po '(?<=Python )(.+)')/bin/virtualenvwrapper.sh

添加到Sean's answer，因为我没有足够的信誉添加评论，添加

export PYENV_VERSION="$(pyenv version-name)"
source ~/.pyenv/versions/$PYENV_VERSION/bin/virtualenvwrapper.sh

到.bashrc（或者在我的例子中是.zshrc）允许您指向正确的virtualenvwrapper.sh，即使您在没有硬编码或grep的情况下更改了python版本

我遇到了同样的问题，我通过安装virtualenvwrapper和builtin python（例如/usr/bin/python3）解决了这个问题，而不是pyenv python运行时，尽管实际工作区中并不使用内置的运行时。

我在Mac上遇到了这个问题，我发现如果不指定VIRTUALENVWRAPPER_PYTHON变量，zsh会崩溃，并显示source ~/.pyenv/versions/$PYENV_VERSION/bin/virtualenvwrapper.sh行
这是我对新用户的pyenv和virtualenvwrapper的.zshrc（或.bashrc）配置

command -v pyenv >/dev/null || export PATH="$PYENV_ROOT/bin:$PATH"
eval "$(pyenv init -)"

export PYENV_VERSION="$(pyenv version-name)"
VIRTUALENVWRAPPER_PYTHON="$HOME/.pyenv/shims/python"

export WORKON_HOME=$HOME/.virtualenvs
export PROJECT_HOME=$HOME/Devel

source ~/.pyenv/versions/$PYENV_VERSION/bin/virtualenvwrapper.sh

# Tell pyenv-virtualenvwrapper to use pyenv when creating new Python environments
export PYENV_VIRTUALENVWRAPPER_PREFER_PYVENV="true"

# Set the pyenv shims to initialize
if command -v pyenv 1>/dev/null 2>&1; then
 eval "$(pyenv init -)"
fi