matlab 如何在python中从一个文件夹中读取多个.mat文件？

new9mtju 于 2023-01-09 发布在 Matlab

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我尝试在python中读取多个. mat文件。每次我都得到错误。这是我的代码：

folder = "C:/Users/Sreeraj/Desktop/Me/PhD/Mahindra/brain_tumor_dataset/data/"
directs = sorted(listdir(folder))
labels = []
for file in directs:
    f = h5py.File(folder+file,'r')
    label = np.array(f.get("cjdata/label"))[0][0]
    labels.append(label)
labels = pd.Series(labels)
labels.shape

我得到的错误是：

---------------------------------------------------------------------------
OSError                                   Traceback (most recent call last)
<ipython-input-11-e7d73f54f73d> in <module>
      3 labels = []
      4 for file in directs:
----> 5     f = h5py.File(folder+file,'r')
      6     label = np.array(f.get("cjdata/label"))[0][0]
      7     labels.append(label)

~\miniconda3\envs\tensorflow\lib\site-packages\h5py\_hl\files.py in __init__(self, name, mode, driver, libver, userblock_size, swmr, rdcc_nslots, rdcc_nbytes, rdcc_w0, track_order, **kwds)
    404             with phil:
    405                 fapl = make_fapl(driver, libver, rdcc_nslots, rdcc_nbytes, rdcc_w0, **kwds)
--> 406                 fid = make_fid(name, mode, userblock_size,
    407                                fapl, fcpl=make_fcpl(track_order=track_order),
    408                                swmr=swmr)

~\miniconda3\envs\tensorflow\lib\site-packages\h5py\_hl\files.py in make_fid(name, mode, userblock_size, fapl, fcpl, swmr)
    171         if swmr and swmr_support:
    172             flags |= h5f.ACC_SWMR_READ
--> 173         fid = h5f.open(name, flags, fapl=fapl)
    174     elif mode == 'r+':
    175         fid = h5f.open(name, h5f.ACC_RDWR, fapl=fapl)

h5py\_objects.pyx in h5py._objects.with_phil.wrapper()

h5py\_objects.pyx in h5py._objects.with_phil.wrapper()

h5py\h5f.pyx in h5py.h5f.open()

OSError: Unable to open file (file signature not found)

我有5849个垫子文件，谁能告诉我哪里出错了？
我使用h5py来读取mat文件。我想读取每个. mat文件中的标签和图像。

matlab

来源：https://stackoverflow.com/questions/75047298/how-to-read-multiple-mat-file-from-a-folder-in-python

2条答案

按热度按时间

9rbhqvlz1#

我认为问题出在连接folder+file上。这有两点：
1.单词file是一个python关键字，所以你不应该用它作为变量名。
1.假设这里使用的是os.listdir（没有附加导入本身），那么文件夹和文件的连接缺少一个斜杠。

修复此问题（在我将file重命名为filename之后）：

full_file_path = os.path.join(folder, filename)
f = h5py.File(full_file_path,'r')

赞(0）回复(0）举报 2023-01-09

flseospp2#

我这里有4个领域的代码可以改进：
1.我更喜欢用glob.iglob()方法来获取文件列表。它可以使用通配符来定义文件名，并且是一个生成器。这样你就不必创建一个包含5849个文件名的列表。
1.用h5py.File()打开文件，但不关闭它。这可能不会导致问题，但却是一个糟糕的做法。最好使用Python的with/as:上下文管理器。（如果不这样做，请在循环中添加f.close()）。
1.您正在使用数据集.get()方法检索数据集对象。该方法已过时很长时间。记录的做法是引用数据集名称，如下所示f["cjdata/label"]
1.此外，您在数据集对象后添加了[0][0]。是否确实要执行此操作？它们是将访问index= [0][0]处的数据集值的索引。如果要创建数据集值的numpy数组，请使用label = f[“cjdata/label”][（）]
已修改代码，演示了以下所有更改：

folder = "C:/Users/Sreeraj/Desktop/Me/PhD/Mahindra/brain_tumor_dataset/data/"
file_wc = folder + "*.mat"  # assumes filename extension is .mat
labels = []
for fname in glob.iglob(file_wc):
    with h5py.File(fname,'r') as f:
        # dataset .get() method deprecated, line below updated appropriately:
        label = np.array(f["cjdata/label"][0][0])
        #or maybe just:
        label = f["cjdata/label"][()]
        labels.append(label)
labels = pd.Series(labels)
labels.shape

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