numpy 计算多维数组中每个数组的每列的傅里叶变换

ki1q1bka  于 2023-01-13  发布在  其他
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在下面的4D数组中,每列表示一个用于机器学习模型开发的属性。

import numpy as np
from scipy.fft import fft, fftfreq, fftshift

A = np.array([
            [[[0, 1, 2, 3],
              [3, 0, 1, 2],
              [2, 3, 0, 1],
              [1, 3, 2, 1],
              [1, 2, 3, 0]]],
            
            [[[9, 8, 7, 6],
              [5, 4, 3, 2],
              [0, 9, 8, 3],
              [1, 9, 2, 3],
              [1, 0, -1, 2]]],
            
            [[[0, 7, 1, 2],
              [1, 2, 1, 0],
              [0, 2, 0, 7],
              [-1, 3, 0, 1],
              [1, 0, 1, 0]]]
              ])

A.shape
(3, 1, 5, 4)

在本例中,A有3个示例,每个示例由4个特征表示(内部数组((1,5,4)形状)的每列1个特征)。
我需要一种简便的方法来计算每个示例的每个特性的frequency-domain(傅立叶变换)。

    • 详细信息**

考虑到给出的例子,我用下面的方法来做。
1.获取所有功能的数组(每个功能1个,如下所示:

feat1 = A[..., [0]] # the first feature
feat2 = A[..., [1]] # the second feature
feat3 = A[..., [2]] # 3rd feature etc...
feat4 = A[..., [3]] # 4th feature etc...

因此,示例数据中的第一个特征为:

feat1
array([[[[ 0],
     [ 3],
     [ 2],
     [ 1],
     [ 1]]],

   [[[ 9],
     [ 5],
     [ 0],
     [ 1],
     [ 1]]],

   [[[ 0],
     [ 1],
     [ 0],
     [-1],
     [ 1]]]])

1.检索每个示例的特征集,如下所示:

# 1st instance
inst1_1 = feat1[0].ravel()  # instance1 1st feature
inst1_2 = feat2[0].ravel()  # instance1 2nd feature
inst1_3 = feat3[0].ravel()  # instance1 3rd feature
inst1_4 = feat4[0].ravel()  # instance1 4th feature

# 2nd instance 
inst2_1 = feat1[1].ravel()  # instance2 1st feature
inst2_2 = feat2[1].ravel()  # instance2 2nd feature
inst2_3 = feat3[1].ravel()  # instance2 3rd feature
inst2_4 = feat4[1].ravel()  # instance2 4th feature

# 3rd instance 
inst3_1 = feat1[2].ravel()  # instance3 1st feature
inst3_2 = feat2[2].ravel()  # instance3 2nd feature
inst3_3 = feat3[2].ravel()  # instance3 3rd feature
inst3_4 = feat4[2].ravel()  # instance3 4th feature

1.然后计算傅立叶变换(针对每个示例的每个特征)。

inst1_1_fft = fft(inst1_1)
inst1_2_fft = fft(inst1_2)
inst1_3_fft = fft(inst1_3)
inst1_4_fft = fft(inst1_4)

inst2_1_fft = fft(inst2_1)
inst2_2_fft = fft(inst2_2)
inst2_3_fft = fft(inst2_3)
inst2_4_fft = fft(inst2_4)

inst3_1_fft = fft(inst3_1)
inst3_2_fft = fft(inst3_2)
inst3_3_fft = fft(inst3_3)
inst3_4_fft = fft(inst3_4)

这绝对是dummies approach。此外,我不能在我的真实数据集上这样做,那里我有超过60K的示例。

    • 问题:**

1.如何对整个阵列A同时执行此操作?
1.频率似乎是相同的,对于每个示例的特征。我这样做是正确的吗?他是我怎么做的:

sampling_rate = A.shape[2] # each instance is fixed-sized A.shape[2] (5 in this e.g)
N = inst1_1_fft.size

inst1_1_fft_freq = fftfreq(N, d = 1 / sampling_rate)

inst1_1_fft_freq
array([ 0.,  1.,  2., -2., -1.])
qij5mzcb

qij5mzcb1#

为了一次沿着所有示例的特征执行快速傅立叶变换,您可以沿axis=2执行。作为一种替代方法,您可以在计算fft之前,使用np.reshapenp.swapaxes首先对A进行整形,一种可能的解决方案是:

A.shape
>>> (3, 1, 5, 4)

N = 5 # number of time samples for the feature axis
inst_reshape = A.swapaxes(1,3).reshape((-1,N))
inst_reshape.shape
>>> (12, 5) # (number of instances x number of features, time sampling)

它遵循与您问题中相同的示例/特性顺序。您还可以通过比较生成的inst_reshape数组与其手动组装的对应数组来检查这一点:

inst_vstack = np.vstack((inst1_1,inst1_2,inst1_3,inst1_4,\
                         inst2_1,inst2_2,inst2_3,inst2_4,\
                         inst3_1,inst3_2,inst3_3,inst3_4))
np.allclose(inst_vstack,inst_reshape)
>>> True

完成这些操作后,现在可以沿着新整形数组的列轴axis=1调用np.fft.fft一次:

sampling_rate = A.shape[2]
sample_spacing = 1/sampling_rate

freq = np.linspace(0.0, 1.0/(2.0*sample_spacing), N//2)
X = np.fft.fft(inst_reshape, axis=1)
amp = 2/N*np.abs(X[:N//2])

from matplotlib import pyplot as plt
plt.plot(freq, amp)

我肯定会鼓励您看一下下面的question,其中很好地解释了这种数组转换背后的一般思想。

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