R语言如何绘制给定时间段和地点的存在/不存在菌种

7gcisfzg 于 2023-01-15 发布在其他

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我有这个数据集
| 周期|地点|种属|存在|
| - ------|- ------|- ------|- ------|
| 早期|地点1|种属1|1个|
| 早期|地点2|种属1|1个|
| 早期|地点3|种属1|1个|
| 迟交|地点1|种属2|无|
| 迟交|地点2|种属2|无|
| 迟交|地点3|种属2|无|
我想把每一个物种（总共：18个）的存在/不存在绘制成两个不同的时期和三个地方，以看看是否有一些时间段和地方之间的差异。
我已经尝试使用ggplot和cdplot，这是最后一次尝试代码：

ggplot(Trend_Acquafredda, aes(Periodo, Luogo, fill = Presence)) +
  geom_density(position = "fill") +
  labs(fill = "Species")

但这是x1c 0d1x的结果
感谢每一个愿意帮忙的人！

来源：https://stackoverflow.com/questions/75117557/how-to-plot-presence-absence-species-in-a-given-period-of-time-and-place

1条答案

按热度按时间

u0njafvf1#

显示四个变量的一个选项是使用geom_tile和Period的多面体来显示物种的存在或不存在：

library(ggplot2)

ggplot(Trend_Acquafredda, aes(Place, Species, fill = factor(Presence))) +
  geom_tile(width = .9, height = .9) +
  labs(fill = "Presence") +
  facet_wrap(~Period)

数据

Trend_Acquafredda <- data.frame(
  Period = c("Early", "Early", "Early", "Late", "Late", "Late"),
  Place = c(
    "Place1",
    "Place2", "Place3", "Place1", "Place2", "Place3"
  ),
  Species = c(
    "Species1",
    "Species1", "Species1", "Species2", "Species2",
    "Species2"
  ),
  Presence = c(1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L)
)

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