您可以使用add_footer_lines()在新行中添加任何内容，使用append_chunks()在现有单元格/行/列中追加任何内容（prepend_chunks()有时会很有用）

library(flextable)
df <- data.frame(col1 = c(123,234,54,5), col2 = c(NA,1,2,3), col3 = 5:8)
df |>
  flextable() |>
  add_footer_lines("Here is a foonote") |> 
  add_footer_lines(as_paragraph(as_b("Note (2):"),"This is another foonote")) |> 
  append_chunks(i = 1, j = 1, as_sup("12")) |> 
  append_chunks(i = 2, j = 1, as_sup("‡"))

大卫Gohel之前的答案没有得到在单元格和脚注中添加符号的行为，但之前的答案不会在表 * 的单元格中添加“1”或“2”*。在这种情况下，您必须自己在单元格中添加这些符号，因为footnote func'需要一个“value”参数（否则您将得到Error in mapply(function(x, y) { : argument "value" is missing, with no default）。
为了在表格的单元格中添加¹、²等，我建议使用上标生成器（如here），使用paste0 func'修改单元格，在数据中添加符号¹;然后使用add_footer_lines func'创建所需的脚注，脚注开头没有符号（参见大卫Gohel之前的答案）。
PS：为了使“ref_symbols”具有良好的可读性，当符号出现在数字旁边时，我更喜欢使用字母（例如，我使用“†“，“‡“，“A”或“B”），当符号出现在文本旁边时，我会添加数字-脚注-符号（例如，¹或²）。