由于您使用的是订单授权总额来计算费用，并且您使用的钩子位于calculate_totals()方法中，因此一旦订单更新，您将始终需要按"recalculate"（重新计算）按钮以获得正确的费用总额和正确的订单授权总额以及正确的金额。
由于WooCommerce 3您的代码是过时的，有点过时的一些错误...例如add_fee()和update_fee()方法被弃用，并由一些其他方式取代。
请使用以下内容：

add_action( 'woocommerce_order_after_calculate_totals', "custom_order_after_calculate_totals", 10, 2 );
function custom_order_after_calculate_totals( $and_taxes, $order ) {
    if ( did_action( 'woocommerce_order_after_calculate_totals' ) >= 2 )
        return;

    $percentage = 0.03; // Fee percentage

    $fee_data   = array(
        'name'       => __('3% CC Fee'),
        'amount'     => wc_format_decimal( $order->get_total() * $percentage ),
        'tax_status' => 'none',
        'tax_class'  => ''
    );

    $fee_items  = $order->get_fees(); // Get fees

    // Add fee
    if( empty($fee_items) ){
        $item = new WC_Order_Item_Fee(); // Get an empty instance object

        $item->set_name( $fee_data['name'] );
        $item->set_amount( $fee_data['amount'] );
        $item->set_tax_class($fee_data['tax_class']);
        $item->set_tax_status($fee_data['tax_status']);
        $item->set_total($fee_data['amount']);

        $order->add_item( $item );
        $item->save(); // (optional) to be sure
    }
    // Update fee
    else {
        foreach ( $fee_items as $item_id => $item ) {
            if( $item->get_name() === $fee_data['name'] ) {
                $item->set_amount($fee_data['amount']);
                $item->set_tax_class($fee_data['tax_class']);
                $item->set_tax_status($fee_data['tax_status']);
                $item->set_total($fee_data['amount']);
                $item->save();
            }
        }
    }
}

代码在functions.php文件中的活动子主题（或活动主题）.测试和作品.
一旦订单得到更新和后，按下重新计算按钮*（以获得正确的订单总数）* 自动添加和更新费用都将很好地工作。
相关：在Woocommerce 3中以编程方式向订单添加费用

• • 更新**

现在，如果由于任何原因它不起作用，您应该删除要更新的相关项目，然后添加一个新项目，如下所示：

add_action( 'woocommerce_order_after_calculate_totals', "custom_order_after_calculate_totals", 10, 2 );
function custom_order_after_calculate_totals( $and_taxes, $order ) {
    if ( did_action( 'woocommerce_order_after_calculate_totals' ) >= 2 )
        return;

    $percentage = 0.03; // Fee percentage

    $fee_data   = array(
        'name'       => __('3% CC Fee'),
        'amount'     => wc_format_decimal( $order->get_total() * $percentage ),
        'tax_status' => 'none',
        'tax_class'  => ''
    );

    $fee_items  = $order->get_fees(); // Get fees

    // Add fee
    if( empty($fee_items) ){
        $item = new WC_Order_Item_Fee(); // Get an empty instance object

        $item->set_name( $fee_data['name'] );
        $item->set_amount( $fee_data['amount'] );
        $item->set_tax_class($fee_data['tax_class']);
        $item->set_tax_status($fee_data['tax_status']);
        $item->set_total($fee_data['amount']);

        $order->add_item( $item );
        $item->save(); // (optional) to be sure
    }
    // Update fee
    else {
        foreach ( $fee_items as $item_id => $item ) {
            if( $item->get_name() === $fee_data['name'] ) {
                $item->remove_item( $item_id ); // Remove the item

                $item = new WC_Order_Item_Fee(); // Get an empty instance object

                $item->set_name( $fee_data['name'] );
                $item->set_amount( $fee_data['amount'] );
                $item->set_tax_class($fee_data['tax_class']);
                $item->set_tax_status($fee_data['tax_status']);
                $item->set_total($fee_data['amount']);

                $order->add_item( $item );
                $item->save(); // (optional) to be sure
            }
        }
    }
}

• • 更新**：

需要从$order对象中使用remove_item。WC_Order_Item_Fee类中没有remove_item函数。从订单中删除项目后，请调用订单上的save（）函数。

$order_fees = reset( $order->get_items('fee') );
        $fee_data   = array(
            'name'       => __( 'Delivery Fee', 'dsfw' ),
            'amount'     => wc_format_decimal( $day_fee + $timeslot_fee ),
        );

        if( !empty( $order_fees ) && $order_fees instanceof WC_Order_Item_Fee ) {
            // update fee

            if( $order_fees->get_name() === $fee_data['name'] ) {
                $order->remove_item( (int)$order_fees->get_id() );
                $order->save();

                $item = new WC_Order_Item_Fee();
                $item->set_name( $fee_data['name'] );
                $item->set_amount( $fee_data['amount'] );
                $item->set_total( $fee_data['amount'] );
                $order->add_item( $item );  
                $item->save();

            }
        } else {
            // add fee
            $item = new WC_Order_Item_Fee();

            $item->set_name( $fee_data['name'] );
            $item->set_amount( $fee_data['amount'] );
            $item->set_total( $fee_data['amount'] );

            $order->add_item( $item );
            $item->save();
        }

    }