我也遇到了同样的问题，所以对于那些想快速找到答案的人，试试看
File -〉Invalidate Caches / Restart
感谢用户@yole和他的评论。

如果File -> Invalidate Caches / Restart不能解决这个问题，那么确保你的“src”文件夹在项目结构中被标记为“Sources”。

如果File -> Invalidate Caches / Restart不工作-〉关闭项目，从最近的项目中删除它，然后删除.idea文件夹，然后再次打开项目。

在Windows机器上的PhpStorm版本2019.1中，如果您按住AltGr键并将鼠标悬停在某个函数上，则会出现弹出窗口“显示方法的用法...”但这是误导性的，因为不会从其他文件中找到对该方法的调用。
显示用法的正确方法是按住Ctrl键并单击方法名称。

还有一些情况下“查找使用示例”功能不起作用。我可以举例说明一个非常简单的情况。
Provider.java:

public class Provider {
    private static final Provider instance = new Provider();
    public static Provider getInstance() { return instance; }
    public Integer getID() { return 0; }
}

User.java:

public class User {
    private final Integer pID;
    public User() { pID = Provider.getInstance().getID(); }
}

如果您单击www.example.com中的getID（）方法Provider.java并调用“Find Usages”，它会很容易地在www.example.com中找到该调用User.java，但如果您重命名或删除www.example.com中的getInstance（）方法Provider.java，则它将无法再在www.example.com中找到getID（）调用User.java。
我假设发生这种情况是因为Provider.getInstance（）.getID（）行被标记为红色（编译错误），并且“Find Usages”特性不认为这个失败的代码是对getID（）的有效调用。这意味着，至少一些编译错误会影响“Find Usages”的结果。
我很好奇地查看了https://youtrack.jetbrains.com/issues?q=find%20usages上与这个特性相关的bug列表，我看到了其他的例子，并得出了我的结论。总之，如果你不想记住它工作的所有条件，并且想要总是完全搜索，我推荐使用grep，它可以找到总是和所有的东西。

有时你的代码格式结构有问题。
试试这个-按ctrl + alt + shift + l和
1.选择所选文本
1.代码清理
你的问题就解决了

您还可以临时强制使用“坏”源文件夹（例如：.../tmp），然后切换回正确的源文件夹（例如：src/main/java）。这一点，结合其他帖子中解释的缓存清理，为我的一个同事解决了这个问题。
您可以通过右键单击文件夹来声明/取消声明源文件夹，然后“将目录标记为..."。

你试过mark directory as -> Project Source and Header吗？我刚在CLion里算出来。

智能J IDEA 2022.2.1
在Invalidate Caches/Restart不起作用之后，修复问题的是Mark Directory As -> Unmark As Sources Root，然后是'src/main/java'上的Mark Directory As -> Sources Root