我尝试使用以下代码安装edgeR:
if (!require("BiocManager", quietly = TRUE)); install.packages("BiocManager"; BiocManager::install("edgeR")
这是我收到的信息
生物导体版本3.15(BiocManager 1.30.18),R 4.2.0(2022年4月22日)安装软件包“edgeR”警告:无法访问存储库https://bioconductor.org/packages/3.15/bioc/bin/macosx/big-sur-arm64/contrib/4.2的索引:无法打开URL“”警告:无法访问存储库https://bioconductor.org/packages/3.15/data/annotation/bin/macosx/big-sur-arm64/contrib/4.2的索引:无法打开URL“https://bioconductor.org/packages/3.15/data/annotation/bin/macosx/big-sur-arm64/contrib/4.2/PACKAGES”警告:无法访问存储库https://bioconductor.org/packages/3.15/data/experiment/bin/macosx/big-sur-arm64/contrib/4.2的索引:无法打开URL "警告:无法访问存储库https://bioconductor.org/packages/3.15/workflows/bin/macosx/big-sur-arm64/contrib/4.2的索引:无法打开URL“https://bioconductor.org/packages/3.15/workflows/bin/macosx/big-sur-arm64/contrib/4.2/PACKAGES”警告:无法访问存储库https://bioconductor.org/packages/3.15/books/bin/macosx/big-sur-arm64/contrib/4.2的索引:无法打开URL“https://bioconductor.org/packages/3.15/books/bin/macosx/big-sur-arm64/contrib/4.2/PACKAGES”程序包,该程序包仅以源代码形式提供,可能需要编译C/C++/Fortran:“边缘"
是否尝试从源安装这些程序?(是/否/取消)
所以我按了是然后我收到了警告信息
ld:警告:找不到选项“-L/opt/R/arm 64/gfortran/lib/gcc/aarch 64-apple-darwin 20.6.0/12.0.1”对应目录ld:警告:未找到选项“-L/opt/R/arm 64/gfortran/lib”的目录:找不到-lgfortran clang的库:错误:链接器命令失败,退出代码为1(使用-v查看调用)make:***[edgeR.so]错误1错误:包“edgeR”的编译失败
- 正在删除“/库/框架/R.框架/版本/4.2-arm 64/资源/库/edgeR”
下载的源代码包位于“/private/var/folders/kt/6_fbqvnx7p94hxygb7x6qbnc0000gr/T/RtmpG 39 FBI/downloaded_packages”中警告消息:在安装包(...)中:程序包“edgeR”安装具有非零退出状态
请告诉我该怎么解决这个问题。
2条答案
按热度按时间nr9pn0ug1#
作为Macbook pro(Monterey)M1的用户,我重新安装了R软件包(R-4.2.0.pkg),并删除了旧软件包(R-4.2.0-arm64.pkg),这使我可以使用BiocManager安装其他软件包。
wfypjpf42#
我也在苹果Silicon Mac上。我通过自制程序和其他程序安装了以前的R。删除所有现有的R安装(通过Terminal检查“which R”),然后从新下载的arm64版本重新安装。