我用这个代码：

ggplot(all,aes(x=substrate, y=Ca))+
  geom_boxplot(data=weed,aes(colour=species))+
  scale_colour_manual(values="green3",name=NULL,labels="substrate\nmineral content")+
  geom_jitter(position = position_jitter(width = 0.22),
              alpha=0.75, size=3.5,
              aes(fill=species,shape=type))+
  scale_fill_manual(values=c("red","blue","purple","darkorange","darkgrey","orange2","grey2","darkgreen","black"))+
  scale_shape_manual(values=c(24,21,22))+
  labs(y="Ca mg/kg")

给予我这样一幅图

但正如你所看到的，图例没有填充。
当我删除箱线图，给我水平的绿色线，然后改变fill=specie，到colour=species，和scale_fill_manual的颜色，它的工作，所以这是一些与图例没有从填充值，但我不知道如何解决它。