我试着做一个特征图来检查我的聚类中的一些标记基因,并使用代码:pericyte<-FeaturePlot(sunion, reduction = "umap", features = c("Mefesk4", "Vtn", "Colec11", "Abcc9", "Myo1v", "Cooh7", "Heyl", "Kcnj8", "Gnb4", "Rgs5"))
代码运行正常,我可以看到表达这些基因的簇亮了起来。然而,一些图的颜色范围是从0到2,而另一些图的颜色范围是从-1到2。-1到2范围的图给所有簇一个蓝色色调,而在0到2范围内,不表达的簇是灰色的。
我想让所有的绘图使用0到2的比例,但我如何定义比例?我尝试将keep.scale = "all"
添加到代码中,但这只会使所有的比例从-1到2。
2条答案
按热度按时间jogvjijk1#
如果没有实际数据,很难给予一个好的解决方案,但也许您可以使用以下两个函数将任何矩阵缩放到您喜欢的范围内(如果需要,也可以将其还原)。这样您就可以在绘图前准备好数据:
下面是它的工作原理:
缩放至范围[0..255]
并从中恢复原始数据:
k3fezbri2#
也许在调用FeaturePlot之前可以尝试一下