IN(SELECT...）'在很多情况下是非常低效的。
使用一个多表DELETE，其中包含一个LEFT JOIN ... IS NULL，这样效率更高。
一旦您掌握了这一点，您 * 可能 * 能够摆脱temp，并将其简单地合并到查询中。
同样更高效的是

WHERE NOT EXISTS ( SELECT 1 FROM temp
       WHERE student_score.lesson_id = temp.MAXID )

此外，DELETEing大量的行本身就很慢。1000行还不错;原因是需要保存所有可能删除的行，直到“提交”时间。
大删除的其他技术：http://mysql.rjweb.org/doc.php/deletebig
注意，其中一个解释了一种更有效的方法来遍历PRIMARY KEY（通过id），注意，您的查询可能需要遍历许多具有lesson_id IS NULL的id，也就是说，LIMIT 1000没有执行您所期望的操作。

不使用order by也可以做到：

DELETE FROM student_score
WHERE lesson_id IS NOT null
AND id NOT IN (SELECT MaxID FROM temp)

或者像这样使用left join，它在速度方面更优化：

DELETE s
FROM student_score s
LEFT JOIN temp t1 ON s.id = t1.MaxID 
WHERE lesson_id IS NOT null and t1.MaxID is null;