$concatArrays的第二个参数应该如下所示。

ArrayOperators.Slice.sliceArrayOf("sequence")
.offset(P+1)
.itemCount(ArrayOperators.Size.lengthOfArray("sequence"));

不幸的是，itemCount只接受int参数，所以这是行不通的。
如果数组具有不同的元素，则可以尝试使用此修改后的查询。

db.collection.update({},
[
  {
    "$set": {
      "sequence": {
        "$concatArrays": [
          {
            "$slice": ["$sequence",P]
          },
          {
            "$setDifference": [
              "$sequence",
              {
                "$slice": ["$sequence",{$add:[P,1]}]
              }
            ]
          }
        ]
      }
    }
  }
])

Demo
由于需要流水线更新，因此需要使用AggregationUpdate。

AggregationUpdate update = Aggregation.newUpdate()
    .set("sequence")
    .toValue(ArrayOperators.ConcatArrays
        .arrayOf(ArrayOperators.Slice.sliceArrayOf("sequence").itemCount(P))
        .concat(SetOperators.SetDifference.arrayAsSet("sequence")
            .differenceTo(ArrayOperators.Slice.sliceArrayOf("sequence").itemCount(P+1))));

另一种更简单的方法是在javascript中使用$function执行此操作

db.collection.update({},[
{
    $set: {
        "sequence": {
            $function: {
                body: function(sequence) {
                    sequence.splice(P,1);
                    return sequence;
                },
                args: ["$sequence"],
                lang: "js"
            }
        }
    }
}
]);

Demo

AggregationUpdate update = Aggregation.newUpdate()
    .set("sequence")
    .toValue(ScriptOperators
        .function("function(sequence) {\r\n" 
            + "  sequence.splice(P,1);\r\n"
            + "  return sequence;\r\n" 
            + "}")
        .args("$sequence")
        .lang("js"));