我已经安装了conda环境使用mambaforge来使用snakemake，我已经按照Snakemake setup tutorial的说明安装了mambaforge，我已经创建了环境并创建了.py文件，但当我试图运行它时，它显示的是纯代码，而不是编译它。当我去修复它，并在我的PyCharm interpreter中添加一个Conda environment时，它显示了以下错误：
我试图通过浏览到mambaforge/bin/conda来添加conda executable path，但它仍然向我显示错误。
我还尝试使用which conda来查找正确的路径，但没有给我一个路径，下面是show，我在conda base环境以及我的设置环境中尝试了which conda，它返回的所有内容如下：
我确信我的conda环境设置为conda --version命令显示我安装的版本。
2条答案
按热度按时间ewm0tg9j1#
我不知道mambaforge conda发行版，我使用的是安装了mamba模块的Anaconda / Miniconda发行版，所以我可以使用终端（即从命令行）创建一个snakemake环境，并在PyCharmSettings中注册为Python解释器“CondaEnvironment|现有环境”（请参见第一个屏幕截图）。
所以我建议你：
1.检查“现有环境”是否适合您，例如，是否能够找到您的conda环境（例如，基本环境或其他环境）。
1.您可以设置Anaconda/Miniconda + mamba + configure PyCharm，以便在my detailed guide的帮助下使用Snakemake，我在学生的Snakemake家庭作业中使用了my detailed guide。
附言：我总是使用命令行运行snakemake脚本，例如从终端捆绑到PyCharm，或只是系统终端应用程序或远程服务器。我不使用PyCharm运行配置。至于PyCharm，我用它与SnakeCharm插件有一个很好的snakemake和python代码编辑支持
vdgimpew2#
与mambaforge一起安装的conda仓位于~/mambaforge/condabin/conda