R强制重新安装软件包

shstlldc 于 2023-02-01 发布在其他

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我运行了update.packages(checkBuilt = TRUE, ask = FALSE)命令。
然而，我的html目录是不可写的，我得到了很多：

Warning in file.create(f.tg) :
cannot create file '/usr/share/doc/R-3.0.1/html/packages.html', reason 'Permission denied'

有没有办法强制重新安装所有的软件包，现在我已经修复了权限问题，所以我得到了那些HTML文件？代码部分已经正确安装，所以update.packages不再工作。

来源：https://stackoverflow.com/questions/24999368/r-force-reinstall-packages

4条答案

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u3r8eeie1#

install.packages安装一个包，即使它存在于你的库中。当然，它将是最新的版本。

赞(0）回复(0）举报 2023-02-01

pobjuy322#

您可以运行以下脚本：

lib_loc <- "[library location]"
to_install <- unname(installed.packages(lib.loc = lib_loc)[, "Package"])
install.packages(pkgs = to_install)

如果使用默认库：

to_install <- unname(installed.packages()[, "Package"])
install.packages(pkgs = to_install)

赞(0）回复(0）举报 2023-02-01

hrirmatl3#

由于缺少libgit 2-devel，我无法安装某个需求，我安装了它并重新运行了install.packages（'devtools'），但它刚刚完成。您可以删除.packages（'name'），然后再次安装。

Updating HTML index of packages in '.Library'
Making 'packages.html' ... done

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70gysomp4#

强制重新安装（重新编译）所有！包：

allPackages <- installed.packages()[,"Package"]
exclude = c("base", "compiler", "datasets", "graphics", "grDevices", "grid", "methods", "parallel", "splines", "stats", "stats4", "tcltk", "tools", "utils")
packages = allPackages[!allPackages %in% exclude]
install.packages(pkgs = packages, clean = TRUE, quiet = FALSE)

赞(0）回复(0）举报 2023-02-01

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