我有一个二进制linux可执行文件，它在stdout中打印一些字节。我从Java应用程序中使用这些字节，如下所示：

String[] cmd;
Process p = Runtime.getRuntime().exec(cmd);
InputStream is = p.getInputStream();
int r = is.read();
while(r != -1){
    System.out.println(r);
    r = is.read(); //1
}

但是在工作了一段时间之后，//1被永远阻塞了I/O（死锁）。

"pool-2-thread-1@627" prio=5 tid=0xd nid=NA runnable
  java.lang.Thread.State: RUNNABLE
      at java.io.FileInputStream.readBytes(FileInputStream.java:-1)
      at java.io.FileInputStream.read(FileInputStream.java:255)
      at java.io.BufferedInputStream.read1(BufferedInputStream.java:284)
      at java.io.BufferedInputStream.read(BufferedInputStream.java:345)
      - locked <0x2c0> (a java.lang.UNIXProcess$ProcessPipeInputStream)
      at sun.nio.cs.StreamDecoder.readBytes(StreamDecoder.java:284)
      at sun.nio.cs.StreamDecoder.implRead(StreamDecoder.java:326)
      at sun.nio.cs.StreamDecoder.read(StreamDecoder.java:178)

它锁定在本机方法上

private native int readBytes(byte[] var1, int var2, int var3) throws IOException;

这个方法被永远阻止的可能原因是什么？也许这是特定于平台的。我使用的是Ubuntu 16.04。