可以将密度Map到Alpha比例，以便较低的值是透明的：

TEST <- data.frame(X = rnorm(10000, -700, 50),
                   Y = rnorm(10000, -450, 50))

ggplot(TEST, aes(x = X, y = Y)) +
  stat_density_2d(geom = "raster", 
                  aes(fill = ..density..*10e04, alpha = ..density..*10e04), 
                  contour = FALSE, 
                  h = c(7, 7),
                  n = 300) +
  scale_alpha_continuous(range = c(0, 1), limits = c(0, 3), 
                         guide = guide_none()) +
  ggtitle("7387") + 
  theme(plot.title = element_text(lineheight=.8, face="bold"))+
  scale_y_reverse() +
  scale_fill_viridis_c(limits = c(0, 12))

基于已接受的答案--设置限制时背景变为灰色，因为超出限制的坐标将接收值NA，而NA的默认填充为"grey50"。要使用其他颜色，请指定na.value。要移除背景，请将下限设置为接近0的某个值，然后使用"transparent"

library(ggplot2)

TEST <- data.frame(X = rnorm(10000, -700, 50),
                   Y = rnorm(10000, -450, 50))

ggplot(TEST, aes(x = X, y = Y)) +
  stat_density_2d(geom = "raster", 
                  aes(fill = ..density..*10e04), 
                  contour = FALSE, 
                  h = c(7, 7),
                  n = 300) +
  ggtitle("7387") + 
  theme(plot.title = element_text(lineheight=.8, face="bold"))+
  scale_y_reverse() +
  scale_fill_viridis_c(limits = c(0.001, 12), na.value = "transparent")

由reprex package（v2.0.1）于2022年5月22日创建

在此，我想提出另一种可能的解决方案。以前的解决方案要么要求您使用alpha尺度，要么要求您硬编码一些与数据范围相关的值。如果您真的只希望低值透明，而不希望中/高值透明，则很难正确使用alpha尺度。如果您要制作多个图表或使用不同的输入，则硬编码会有问题（例如，.01的下限在一个数据集上可能看起来不错，但在另一个数据集上截断了重要值）。
解决方案是创建一个以'transparent'开头的自定义颜色Map表。您可以使用现有的色带（如viridis）来完成此操作。
调用viridis::viridis_pal()(n)会给予你一个来自草绿色的颜色矢量，你也可以用viridis::viridis_pal(option='magma')(10)这样的函数访问其他函数，它会给你10种来自岩浆调色板的颜色。
要创建新的色带，请使用scale_fill_gradientn()并在所需比例的颜色范围前串联'transparent'：

scale_fill_gradientn(colors = c('transparent',viridis::viridis_pal()(10)))

现在你有了一个在范围的最小端是透明的比例，但是随后通过绿色渐变。你也可以根据需要在这里选择你自己的颜色，而不是依赖于内置的比例。

TEST <- data.frame(X = rnorm(10000, -700, 50),
                   Y = rnorm(10000, -450, 50))

ggplot(TEST, aes(x = X, y = Y)) +
  stat_density_2d(geom = "raster", aes(fill = ..density..*10e04), contour = F, 
                  h = c(5, 5),
                  n = 300) +
  ggtitle("7387")+ 
  theme(plot.title = element_text(lineheight=.8, face="bold"))+
  scale_y_reverse()+
  scale_fill_gradientn(colors = c('transparent',viridis::viridis_pal()(10)))

您还可以通过调整用于构建渐变的颜色数量来减弱这种效果。这种效果很微妙，但颜色越多意味着填充的“背景”越多，而颜色越少则会让更多的背景逐渐消失。viridis::viridis_pal()(5)和viridis::viridis_pal()(30)比较如下：

这种效果与数据的缩放无关--如果将密度乘以10，结果将是相同的（如果使用基于硬编码限制的方法，结果将不是相同的）。