我一直在尝试使用以下教程运行pcpr2包:https://github.com/JoeRothwell/pcpr2
此程序包的数据可在此链接中找到:https://github.com/JoeRothwell/pcpr2/raw/master/data/PCPR2data.RData
- 我的数据矩阵文件是 *:https://drive.google.com/file/d/1wzzw2Jcui-IKICYc_QmTCvXqeFZ_3teX/view?usp=share_link
- 我的元数据文件是 *:https://drive.google.com/file/d/1d52Cj4qNvjTJox7n5uZKlmF9d8YPpfAn/view?usp=share_link
我的密码:
transcripts <- read.csv("test_matrix.csv", row.names = 1)
Z_metadata <- read.csv("test_trait.csv")
output <- runPCPR2(transcripts , Z_metadata, pct.threshold = 0.8)
每次我尝试使用我的数据运行pcpr2包中的代码时,我都会得到以下错误:
Error in runPCPR2(transcripts, Z_metadata, pct.threshold = 0.8) :
is.numeric(X_DataMatrix) is not TRUE
我尝试通过以下命令将datamatrix转换为数字格式:
transcripts = lapply(transcripts , as.double)
transcripts = do.call("cbind", transcripts)
然而,这也不起作用。我得到另一个错误消息:
Error in solve.default(crossprod(model.matrix(mod))) :
Lapack routine dgesv: system is exactly singular: U[15,15] = 0
我可以告诉我的datamatrix有问题,因为数据类型和类与教程中使用的不一样。但是,我不知道如何解决这个问题。任何形式的帮助都将非常感谢。
1条答案
按热度按时间rm5edbpk1#
导入
test_matrix
数据集时要小心(有行名称,应该是矩阵):