df2$flag <- mapply(grepl, df2$col2, df2$col1)
grepl()的模式参数只使用第一个元素：
参见?grepl：
如果提供长度为2或更大的字符向量，则使用第一个元素并发出警告。

我们可以使用str_detect，它对模式和字符串都进行了矢量化

library(dplyr)
library(stringr)
df2 <- df2 %>% 
     mutate(Flag = c('No', 'Yes')[1+str_detect(col1, as.character(col2))])
df2
#       col1 col2 Flag
#1 R.S.U.L.C    R  Yes
#2     S.I.W    U   No
#3     P.U.E    I   No
#4     A.E.N    N  Yes

这可以通过sapply/grepl的组合来完成。沿着df2$col和grepl循环，并将其放入字符串df$col1中。
这句俏皮话很明显。

i <- sapply(seq_along(df2$col2), function(i) grepl(df2$col2[i], df2$col1[i]))
df2$Flag <- c("No", "Yes")[i + 1L]
df2
#       col1 col2 Flag
#1 R.S.U.L.C    R  Yes
#2     S.I.W    U   No
#3     P.U.E    I   No
#4     A.E.N    N  Yes

str_detect的简洁实现，使用ifelse。请注意，使用fixed()可确保文本内容匹配。否则，str_detect默认为regex，如果模式列包含可解释为正则表达式的字符，则可能导致意外行为。

library(tidyverse)

df2 <- df2 %>% 
 mutate(Flag = ifelse(str_detect(col1, fixed(as.character(col2))), "Yes", "No"))

 df2
 #       col1 col2 Flag
 #1 R.S.U.L.C    R  Yes
 #2     S.I.W    U   No
 #3     P.U.E    I   No
 #4     A.E.N    N  Yes