缺失的信息：重定向只接受一个文件。
如何修复代码：使用-i标志。

perl -i~ -pe 's/sample/changed/' -- 1.txt 2.txt 3.txt

它将“原地”更改文件，保留1. txt ~、2. txt ~和3. txt ~作为备份。

perl -pe's/sample/changed/' <1.txt 2.txt 3.txt >1a.txt 2a.txt 3a.txt

等于

perl -pe's/sample/changed/' 2.txt 3.txt 2a.txt 3a.txt <1.txt >1a.txt

显然错了。
因为只有一个标准输出。

perl -pe's/sample/changed/' <1.txt 2.txt 3.txt >1a.txt >2a.txt >3a.txt

等于

perl -pe's/sample/changed/' 2.txt 3.txt <1.txt >3a.txt

显然错了。
你可以用

for f in 1.txt 2.txt 3.txt; do
   perl -pe's/sample/changed/' "$f" >"$f.new"
done

如果确实需要1a.txt，可以使用以下命令：

for f in {1..3}; do
    perl -pe's/sample/changed/' "$f.txt" > "${f}a.txt"
done

或

for f in 1.txt 2.txt 3.txt; do
   d="$( dirname "$f" )
   b="$( basename "$f" .txt)
   nf="$d/${b}a.txt"
   perl -pe's/sample/changed/' "$f" >"$nf"
done

你需要理解文件描述符的概念。默认情况下，shell和大多数程序将输出发送到FD 1，将stderr发送到FD 2，并从FD 0读取输入。简化后的重定向就是分配这些文件描述符所代表的文件或设备。如果你指定了多个>，那么只有最后一个文件描述符才能被FD 1有效地表示。至少在概念上是这样。重定向也是由shell管理的，而不是由被调用的程序管理的。
如果希望单独处理1.txt、2.txt和3.txt，并将结果保存在它们的“a”对应项上，可以使用循环。

for f in {1..3}; do
    perl -pe 's/sample/changed/' "$f.txt" > "${f}a.txt"
done

我认为这也可以在Perl内部完成，但我不了解Perl。

您遗漏的信息以及导致您混淆的信息是对shell重定向缺乏正确的理解。

在此情况下，必须理解：

*重定向是一个独立的命令/指令，不需要命令行上的任何其他内容即可执行。因此，**独立的~ $ > fname.ext**可以

• • 创建一个新的fname.ext文件（如果它还不存在）
• • 截断现有文件（！删除其全部内容！）
    *shell重定向由shell管理，而不是由被调用的程序管理
    *重定向发生在单个指令中的何处并不重要。因此
• • > txt.1 echo "sample text"的作用与echo "sample text" > txt.1相同
    *重定向仅采用一个文件因此< 1.txt 2.txt 3.txt仅使1.txt文件的内容在stdin上可用（不包括2.txt和3.txt的内容）
    *重定向发生（执行）在其他操作之前
• 在命令行文本中的任意位置使用> file.ext（也包括单独出现的位置）将导致：
• • 如果file.ext不存在，则创建它
• • 截断file.ext（如果存在）（使其为空/无内容）
• • 将stdout分配给文件

现在，与所有上述牢记让我们解释它是如何来你在你的问题中描述：
执行时的原因

$ perl -pe 's/sample/changed/' < 1.txt 2.txt 3.txt > 1a.txt 2a.txt 3a.txt

未创建文件2a.txt和3a.txt的原因是重定向仅采用一个文件，即1a.txt，因此将2a.txt和3a.txt作为参数传递给perl，perl随后抱怨它们不存在。
执行时的原因

$ perl -pe 's/sample/changed/' < 1.txt 2.txt 3.txt > 1a.txt > 2a.txt > 3a.txt

文件1.txt被pearl从考虑中跳过是重定向< 1.txt，它从传递给pearl的命令行参数列表中取出1.txt文件。将stdin分配给1.txt在这里没有效果，因为pearl将不使用stdin，因为它发现2.txt和3.txt作为文件使用作为输入，因此忽略stdin。
1a.txt和2a.txt为空的原因是重定向> 1a.txt和> 2a.txt创建/截断了这些文件。
3.txt文件包含perl脚本输出，因为命令行是由bash从左到右评估的，结果是对stdout的最后一次分配是将3a.txt文件分配给它，然后对stdout的所有perl输出都转到3a.txt。

主要的问题，关于重定向，在这个例子中，已经得到了回答。然而，如果有更多的事情要做，在shell中处理重定向可能会变得混乱，我想提醒的是，一旦Perl程序 * 是 * 无论如何，它是简单的，也处理它的文件。
因此，读取和处理输入文件以及写入相应的输出文件都是用Perl一个接一个地完成的。

perl -MPath::Tiny -we'
    path("new_$_")->spew( path($_)->slurp =~ s/sample/changed/gr ) 
        for @ARGV;
' *.txt

这使用一个库来方便地读写文件，我使用Path::Tiny。还有其他库可以完成这些任务，或者可以手工完成（简单但更冗长）。
一些细节

• @ARGV包含命令行参数，因此这里是要处理的文件名
• Path::Tiny库通过为现有文件或新（要写入的）文件创建对象path($filename)并对其应用方法来操作
• path($_)->slurp将名为$_的文件（来自@ARGV）读入一个字符串，正则表达式可以直接绑定到该字符串
• 使用修饰符/r时，正则表达式返回经过处理的字符串
• 返回的字符串被写入到path("new_$_")->spew(...)文件中