在控制器中：

function innerItem($scope, $element){
    var jQueryInnerItem = $($element); 
}

更好更正确的解决方案是有一个指令，无论是指令的控制器还是主控制器，作用域都是一样的，使用$element做DOM操作，指令控制器中定义的方法在主控制器中是可以访问的。
示例，查找子元素：

var app = angular.module('myapp', []);
app.directive("testDir", function () {
    function link(scope, element) { 

    }
    return {
        restrict: "AE", 
        link: link, 
        controller:function($scope,$element){
            $scope.name2 = 'this is second name';
            var barGridSection = $element.find('#barGridSection'); //helps to find the child element.
    }
    };
})

app.controller('mainController', function ($scope) {
$scope.name='this is first name'
});