在等待命令完成的同时，必须连续读取输出，否则，如果命令产生的输出足以填满输出缓冲区，命令就会挂起，等待缓冲区被消耗掉，这是从来没有发生过的，所以你会得到一个死锁。
下面的示例在监视命令状态的同时连续读取stdout和stderr。它基于official JSch exec.java example（只是添加了一个stderr阅读）。

ChannelExec channel = (ChannelExec)session.openChannel("exec");

channel.setCommand(
    "for((i=1;i<=10000;i+=2)); do echo \"Long output - $i\"; done ; " +
    "echo error output >&2");

ByteArrayOutputStream outputBuffer = new ByteArrayOutputStream();
ByteArrayOutputStream errorBuffer = new ByteArrayOutputStream();

InputStream in = channel.getInputStream();
InputStream err = channel.getExtInputStream();

channel.connect();

byte[] tmp = new byte[1024];
while (true) {
    while (in.available() > 0) {
        int i = in.read(tmp, 0, 1024);
        if (i < 0) break;
        outputBuffer.write(tmp, 0, i);
    }
    while (err.available() > 0) {
        int i = err.read(tmp, 0, 1024);
        if (i < 0) break;
        errorBuffer.write(tmp, 0, i);
    }
    if (channel.isClosed()) {
        if ((in.available() > 0) || (err.available() > 0)) continue; 
        System.out.println("exit-status: " + channel.getExitStatus());
        break;
    }
    try { 
      Thread.sleep(1000);
    } catch (Exception ee) {
    }
}

System.out.println("output: " + outputBuffer.toString("UTF-8"));
System.out.println("error: " + errorBuffer.toString("UTF-8"));

channel.disconnect();

如果在channel.connect();之后添加while (!channel.isClosed()) {}，您将看到，如果shell for循环中的i足够大（在我的环境中，10000就足够了），则循环永远不会结束。