无法加载R包gmm在最新的macbook与苹果M1芯片

zi8p0yeb  于 2023-02-26  发布在  Mac
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我试图加载包gmm(运行"library(gmm)"),并得到下面的错误消息。
它似乎无法修复,因为它指出我的gfortran/lib/libgomp.1.dylib有错误的架构?我猜这与新的Mac架构有关?
库(gmm)正在加载所需的包:三明治
错误:在动态加载(file,DLLpath = DLLpath,...)中为"gmm"加载包或命名空间失败:
无法加载共享对象"/3.0/资源/库/gmm/libs/gmm.so ":
打开(/库/框架/R.框架/版本/4.0/资源/库/gmm/库/gmm. so,6):未加载库:/usr/local/gfortran/lib/libgomp.1.dylib引用自:/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.0/Resources/library/gmm/libs/gmm.so
原因:未找到合适的映像。找到:

**/usr/local/gfortran/lib/libgomp.1.dylib: mach-o, but wrong architecture**
/usr/local/gfortran/lib/libgomp.1.dylib: mach-o, but wrong architecture
pb3skfrl

pb3skfrl1#

我在R版本4.1上遇到了同样的问题。发现了一个类似的问题here,指向安装(或更新)您的gfortran安装here。一旦我这样做并重新启动R,gmm包能够在我加载包时自动找到丢失的映像。

kognpnkq

kognpnkq2#

我在换了新的苹果M2 Max芯片的MacBook Pro后也遇到了类似的问题,得到的错误是:

Error: package or namespace load failed for ‘gmm’ in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...):
 unable to load shared object '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.2-arm64/Resources/library/gmm/libs/gmm.so':
  dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.2-arm64/Resources/library/gmm/libs/gmm.so, 0x0006): Library not loaded: /opt/R/arm64/gfortran/lib/libgomp.1.dylib
  Referenced from: <47242657-5A5D-3982-936B-398527D642B4> /Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.2-arm64/Resources/library/gmm/libs/gmm.so
  Reason: tried: '/opt/R/arm64/gfortran/lib/libgomp.1.dylib' (no such file), '/System/Volumes/Preboot/Cryptexes/OS/opt/R/arm64/gfortran/lib/libgomp.1.dylib' (no such file), '/opt/R/arm64/gfortran/lib/libgomp.1.dylib' (no such file), '/usr/local/lib/libgomp.1.dylib' (no such file), '/usr/lib/libgomp.1.dylib' (no such file, not in dyld cache)

我尝试了上面链接的解决方案,直到安装gfortran和重新启动R,但没有工作。以下是工作的解决方案(安装gfortran后):
1.通过导航到RStudio中的终端选项卡并键入mfind libgomp.1.dylib来定位libgomp.1.dylib文件,这将返回文件的当前位置。
1.在Finder中,转到文件所在的目录(转到-〉转到文件夹-〉[粘贴目录])。
1.在一个新的Finder窗口中,转到R正在查找该文件的目录,我可以导航到/opt/R/arm64/文件夹,但子文件夹gfortran和lib不存在,所以我创建了它们,每次更改该文件夹时,我都必须输入我的计算机密码。
1.将libgomp.1.dylib文件从第一个finder窗口复制到新创建的文件夹中。文件目录应该与R在错误消息中查找的内容相匹配。因此,对我来说,它是/opt/R/arm64/gfortran/lib/libgomp.1.dylib
1.卸载gmm软件包和/或您试图安装的依赖它的软件包。重新安装软件包并加载它们。这次它们应该可以正确安装和加载。我遇到了一些依赖项没有为我当前版本的R安装的问题,我使用BiocManager安装了它们。
希望这对有同样错误的人有帮助!

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