R icd包-如何获得具有重复的大型数据集的ICD代码解释

5us2dqdw  于 2023-02-26  发布在  其他
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我有一个包含~ 4000例患者的数据集,主要诊断由ICD 10代码给出。许多诊断在患者之间重复。我找到了“ICD”R包。
我想增加一栏描述(用文字)诊断是什么。注意2例患者患有J12.81。

library(icd)
library(tidyverse)
library(tribble)

mydata <- tribble(
  ~ID, ~ICD10,
  1, "J12.81",
  2, "J44.9",
  3, "J12.81",
  4, "E84.0"
)

desired_output <-tribble(
  ~ID, ~ICD10, ~Description,
  1, "J12.81","Pneumonia due to SARS-associated coronavirus",
  2, "J44.9","Chronic obstructive pulmonary disease, unspecified",
  3, "J12.81","Pneumonia due to SARS-associated coronavirus",
  4, "E84.0","Cystic fibrosis with pulmonary manifestations"
)

我尝试用这个代码

desired_output<-mydata %>%
  mutate(description = icd::explain_code(ICD10))

但是我得到了一个错误description must be size 4 or 1, not 3.,这似乎表明explain_code只是得到了一个唯一值的列表?
或者,有没有一种方法可以得到一个explain_code,它将代码和描述一起输出,这样我就可以执行left_join了?

myss37ts

myss37ts1#

这不是explain_code函数,而是explain_table函数。

desired_output<-mydata %>%
  mutate(desc = icd::explain_table(ICD10)) %>%
  mutate(description = desc$short_desc) %>%
  select(-desc)

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