当dplyr函数出现这种“无法解释”的错误时，通常是因为不同的库之间存在冲突，所以使用dplyr::rename应该是好的。

最好把你的代码作为可复制/可粘贴的文本发布，你可以用反勾号来格式化。
该错误消息意味着rename()中的第一个参数不存在，我不确定这是否是您的目标，但我最好的猜测是您将rename参数颠倒了，从 Dataframe head(protien_df)的第一次打印判断，id和intensity已经是列名，因此它们需要在rename()中放在第一位：

protein_df %>%
  rename(Intensity = Protien_intensity,
         id = Protien_group_IDs)

您仍然可以通过管道将rename()位传输到read_tsv并将其保存到该df。

当你同时下载base和dplyr库时，可能会发生这种情况，我已经找到了解决办法。会帮助你。
蛋白质密度%〉% dplyr：：重命名（强度=蛋白质强度，ID =蛋白质组ID）

同意SD，函数'rename'与其他包中具有相同func名称的其他函数冲突，因此指定您的rename func来自的确切包可能会很有用。另外，func rename中第二个参数的语法是'new_name = old_name'，所以尝试：

protein_df <- dplyr::rename(.,Protien_intensity=Intensity, Protein_group_IDs=id )