csv Pandas:如何解决“错误标记数据”?

yvt65v4c  于 2023-03-05  发布在  其他
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很多问题已经被问到了about this topic on SO.(还有很多其他的)。在众多的答案中,到目前为止没有一个对我有真正的帮助。如果我错过了有用的,请告诉我。
我只是想把一个有Pandas的CSV文件读入数据框。听起来像是一个简单的任务。
我的文件Test.csv

1,2,3,4,5
1,2,3,4,5,6
,,3,4,5
1,2,3,4,5,6,7
,2,,4

我的代码:

import pandas as pd
df = pd.read_csv('Test.csv',header=None)

我的错误:

pandas.errors.ParserError: Error tokenizing data. C error: Expected 5 fields in line 2, saw 6

我猜这个问题是Pandas查看第一行,并期望在后面的行中有相同数量的令牌,如果不是这样,它将停止并返回错误。
在众多答案中,使用选项的建议如下:error_bad_lines=Falseheader=Noneskiprows=3以及更多无用的建议。
但是,我不想忽略任何一行或跳过。而且我事先不知道数据文件有多少列和多少行。
因此,它基本上归结为如何找到数据文件中的最大列数。这是要走的路吗?我希望有一个简单的方法来读取CSV文件,它在第一行没有最大列数。谢谢你的提示。我使用的是Python 3.6.3,Win7上的Pandas 0.24.1。

w1e3prcc

w1e3prcc1#

我有一个不同的解决方案。让Pandas负责创建表和删除None值,让我们负责编写一个适当的标记器。

标记器

def tokenize(str):
    idx = [x for x, v in enumerate(str) if v == '\"']
    if len(idx) % 2 != 0:
        idx = idx[:-1]
    memory = {}
    for i in range(0, len(idx), 2):
        val = str[idx[i]:idx[i+1]+1]
        key = "_"*(len(val)-1)+"{0}".format(i)
        memory[key] = val
        str = str.replace(memory[key], key, 1)        
    return [memory.get(token, token) for token in str.split(",")]

令牌化程序的测试用例

print (tokenize("1,2,3,4,5"))
print (tokenize(",,3,\"Hello, World!\",5,6"))
print (tokenize(",,3,\"Hello,,,, World!\",5,6"))
print (tokenize(",,3,\"Hello, World!\",5,6,,3,\"Hello, World!\",5,6"))
print (tokenize(",,3,\"Hello, World!\",5,6,,3,\"Hello,,5,6"))

产出
['1', '2', '3', '4', '5'] ['', '', '3', '"Hello, World!"', '5', '6'] ['', '', '3', '"Hello,,,, World!"', '5', '6'] ['', '', '3', '"Hello, World!"', '5', '6', '', '3', '"Hello, World!"', '5', '6'] ['', '', '3', '"Hello, World!"', '5', '6', '', '3', '"Hello', '', '5', '6']

将标记化器投入使用

with open("test1.csv", "r") as fp:
    lines = fp.readlines()

lines = list(map(lambda x: tokenize(x.strip()), lines))
df = pd.DataFrame(lines).replace(np.nan, '')

优点:

现在,我们可以根据需要调用标记器函数

mf98qq94

mf98qq942#

在我的案例中1我在Excel中打开了 *. csv 2我将 *. csv保存为CSV(逗号分隔)3我通过以下方式在python中加载了该文件:

import pandas as pd
df = pd.read_csv('yourcsvfile.csv', sep=',')

希望能有所帮助!

koaltpgm

koaltpgm3#

对我来说,通过在www.example.com _csv()命令中添加usecols可以解决这个问题pd.read:
使用类别=[“我的列_1”,“我的列_2”,...]

ycggw6v2

ycggw6v24#

对我来说,解决方案是添加正确的分隔符;,如下所示:
pandas.read_csv(path, sep=';')

pod7payv

pod7payv5#

感谢@ ALOLZ提供的“非常新鲜”的链接(幸运的巧合)和@Rich Andrews指出我的示例实际上并不是“严格正确的”CSV数据。
因此,我目前使用的工作方式改编自@ ALOLZ紧凑型解决方案(https://stackoverflow.com/a/55129746/7295599

### reading an "incorrect" CSV to dataframe having a variable number of columns/tokens 
import pandas as pd

df = pd.read_csv('Test.csv', header=None, sep='\n')
df = df[0].str.split(',', expand=True)
# ... do some modifications with df
### end of code

df包含空字符串'',用于开头和中间的缺失条目,以及None,用于结尾的缺失令牌。

0  1  2  3     4     5     6
0  1  2  3  4     5  None  None
1  1  2  3  4     5     6  None
2        3  4     5  None  None
3  1  2  3  4     5     6     7
4     2     4  None  None  None

如果您通过以下方式将其再次写入文件:
df.to_csv("Test.tab",sep="\t",header=False,index=False)
None将被转换为空字符串'',一切正常。
下一个层次是考虑引号中包含分隔符的数据字符串,但这是另一个主题。

1,2,3,4,5
,,3,"Hello, World!",5,6
1,2,3,4,5,6,7
7qhs6swi

7qhs6swi6#

使用宽容的python csv模块读取csv,并在将其提交给panda之前修复加载的文件,无论panda使用何种csv引擎,都会在格式错误的csv数据上失败。

import pandas as pd
import csv

not_csv = """1,2,3,4,5
1,2,3,4,5,6
,,3,4,5
1,2,3,4,5,6,7
,2,,4
"""

with open('not_a.csv', 'w') as csvfile:
    csvfile.write(not_csv)

d = []
with open('not_a.csv') as csvfile:
    areader = csv.reader(csvfile)
    max_elems = 0
    for row in areader:
        if max_elems < len(row): max_elems = len(row)
    csvfile.seek(0)
    for i, row in enumerate(areader):
        # fix my csv by padding the rows
        d.append(row + ["" for x in range(max_elems-len(row))])

df = pd.DataFrame(d)
print df

# the default engine
# provides "pandas.errors.ParserError: Error tokenizing data. C error: Expected 5 fields in line 2, saw 6 "
#df = pd.read_csv('Test.csv',header=None, engine='c')

# the python csv engine
# provides "pandas.errors.ParserError: Expected 6 fields in line 4, saw 7 "
#df = pd.read_csv('Test.csv',header=None, engine='python')

在python外部预处理文件,如果担心python内部的额外代码会创建过多的python代码。

Richs-MBP:tmp randrews$ cat test.csv
1,2,3
1,
2
1,2,
,,,
Richs-MBP:tmp randrews$ awk 'BEGIN {FS=","}; {print $1","$2","$3","$4","$5}' < test.csv
1,2,3,,
1,,,,
2,,,,
1,2,,,
,,,,

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