只需在main类中使用public static final Scanner in = new Scanner(System.in);，然后就可以通过MainClassName.in从任何地方调用它。
另外，要小心传递给Scanner的参数。我猜你想把InputFile放入Scanner，而不是filename =）

File InputFile = new File (filename);
Scanner reader = new Scanner(filename);

有所谓的design patterns可以帮助你处理这样的日常问题，它们显示了最佳实践。
您正在寻找类似Singleton的东西，它是软件echosystem所特有的类的示例。
对于您的示例，您可以执行以下操作：

public class MyScanner{
   private static MyScanner instance = new MyScanner();
   private MyScanner(){
       // init the scanner
   }

   //Get the only object available
   public static MyScanner getInstance(){
      return instance;
   }

   public void read(File f){
      // read your file
   }
}

回答您关于依赖项注入的问题：下面是dependency injection大致概念（通过构造函数）：

public void wire() {
    ...
    Scanner reader = new Scanner(filename);
    ClassA objectA = new ClassA(reader);
    ClassB objectB = new ClassB(reader);
    ...
}

类A（类B具有类似的构造函数）：

public class ClassA {

    private Scanner reader;

    public ClassA(Scanner reader) {
        this.reader = reader;
    }
    ...
}

我们的想法是用wire（）方法创建并连接对象。