这是我想要运行的代码：
Aldh1l1.neg_Atp1b2.pos_new <- FindNeighbors(Aldh1l1.neg_Atp1b2.pos_new, dims = 1:10)但由于以下错误，它无法正常工作：
Error in validityMethod(as(object, superClass)) :
object 'CsparseMatrix_validate' not found我已经重新安装了几次Seurat和Matrix包。我甚至重新安装了一次RStudio。
调用堆栈如下所示：
> traceback()
15: validityMethod(as(object, superClass))
14: isTRUE(x)
13: anyStrings(validityMethod(as(object, superClass)))
12: validObject(.Object)
11: .nextMethod(.Object = .Object, ... = ...)
10: callNextMethod()
9: initialize(value, ...)
8: initialize(value, ...)
7: new(Class = "Graph", i = c(0L, 62L, { ... TRUNCATED ... }
6: do.call(what = "new", args = object.list)
5: UpdateSlots(object = object)
4: `DefaultAssay<-.Graph`(object = `*tmp*`, value = assay)
3: `DefaultAssay<-`(object = `*tmp*`, value = assay)
2: FindNeighbors.Seurat(Aldh1l1.neg_Atp1b2.pos_new, dims = 1:10)
1: FindNeighbors(Aldh1l1.neg_Atp1b2.pos_new, dims = 1:10)
1条答案
按热度按时间oaxa6hgo1#
从2022年9月起，在R-devel邮件列表的this thread中讨论了潜在问题。
CsparseMatrix_validate是在Matrix1.5-3中定义的，用于替换虚拟类CsparseMatrix的现有有效性方法。问题是在Matrix1.5-3（或更新版本）下构建的某些包在其命名空间中缓存了有效性方法，但没有缓存CsparseMatrix_validate的定义。调用cached方法时，必须在安装的任何版本的Matrix中找到
CsparseMatrix_validate。如果该版本早于1.5-3，则找不到该符号，结果就是您看到的错误。要为所有用户解决这个问题，问题包的维护者应该将
Matrix (>= 1.5-3)放在他们包的DESCRIPTION文件中Imports或Depends下。在此之前，个人用户只需安装Matrix1.5-3（或更新版本）：
如果这不起作用，那么我们需要更多关于您的设置的详细信息（库路径等）。