import pandas as pd
# Returns a TextFileReader, which is iterable with chunks of 1000 rows.
csv_iterator = pd.read_csv('large_dataset.csv', iterator=True, chunksize=1000)
# Iterate through the dataframe chunks and print one row/record at a time
for chunk in csv_iterator:
for index, row in chunk.iterrows():
print(row)
# df is DataFrame. If errors, use `list(csv_iterator)` instead
df = pd.concat(tp, ignore_index=True)
import pandas as pd
import sqlite3
from pandas.io import sql
import subprocess
# In and output file paths
in_csv = '../data/my_large.csv'
out_sqlite = '../data/my.sqlite'
table_name = 'my_table' # name for the SQLite database table
chunksize = 100000 # number of lines to process at each iteration
# columns that should be read from the CSV file
columns = ['molecule_id','charge','db','drugsnow','hba','hbd','loc','nrb','smiles']
# Get number of lines in the CSV file
nlines = subprocess.check_output('wc -l %s' % in_csv, shell=True)
nlines = int(nlines.split()[0])
# connect to database
cnx = sqlite3.connect(out_sqlite)
# Iteratively read CSV and dump lines into the SQLite table
for i in range(0, nlines, chunksize):
df = pd.read_csv(in_csv,
header=None, # no header, define column header manually later
nrows=chunksize, # number of rows to read at each iteration
skiprows=i) # skip rows that were already read
# columns to read
df.columns = columns
sql.to_sql(df,
name=table_name,
con=cnx,
index=False, # don't use CSV file index
index_label='molecule_id', # use a unique column from DataFrame as index
if_exists='append')
cnx.close()
6条答案
按热度按时间2exbekwf1#
Wes当然是对的!我只是想提供一个更完整的示例代码。我在一个129 Mb的文件中遇到了同样的问题,这个问题可以通过以下方法解决:
e4yzc0pl2#
原则上,它不应该耗尽内存,但是目前
read_csv
在处理大文件时存在内存问题,这是由一些复杂的Python内部问题引起的(这很模糊,但是很久以前就知道了:http://github.com/pydata/pandas/issues/407)。目前还没有一个完美的解决方案(这里有一个乏味的解决方案:您可以将文件逐行转录到预先分配的NumPy数组或内存Map文件中--
np.mmap
),但这是我在不久的将来要做的工作。另一种解决方案是以较小的片段读取文件(使用iterator=True, chunksize=1000
),然后与pd.concat
连接。当您将整个文本文件一次性拉入内存时,问题就出现了。hi3rlvi23#
这是一个较老的线程,但我只是想在这里转储我的解决方案。我最初尝试了
chunksize
参数(即使值很小,如10000),但没有多大帮助;内存大小仍然有技术问题(我的CSV是~ 7. 5 GB)。现在,我只是用for循环方法读取CSV文件的块,然后一步一步地将它们添加到SQLite数据库中:
sigwle7e4#
下面是我的工作流程。
根据你的文件大小,你最好优化块大小。
在数据库中有了所有的数据后,你可以从数据库中查询出你需要的数据.
aiazj4mn5#
如果你想加载大的csv文件,dask可能是个不错的选择,它模仿了panda的API,所以感觉上和panda很像
link to dask on github
ejk8hzay6#
你可以使用Pytable而不是panda df,它是为大数据集设计的,文件格式是hdf5,所以处理时间相对较快。