下面是您的代码的问题;
你从一个包含字符串“CACA”的数组列表开始，然后删除第一个“C”，并将新的字符串“ACA”添加到数组列表中两次。

int index = array.get(i).indexOf(a);

此代码返回索引0两次，并导致数组列表中出现重复的字符串。
方法的作用是：返回指定字符在字符串中第一次出现的位置。
你的代码从来没有找到字符串中第二个“C”的索引，所以“CAA”没有被添加到数组列表中，上面的代码是不必要的，因为**你已经可以找到变量“j”中存储的字符的索引。
for循环在新添加的字符串“ACA”（两个字符串）上运行，中间的“C”被删除，“AA”被添加到列表中两次，过程结束。
这是解决方案：

ArrayList<String> array = new ArrayList<String>();
array.add("CACA");
String charToSearch = "C";

for(int i = 0; i < array.size(); i++) {
    for(int j = 0; j < array.get(i).length(); j++) {

        String currentCharAsString = String.valueOf(array.get(i).charAt(j));
        if(charToSearch.equals(currentCharAsString)) {
            if(array.get(i).length() == 1) {
                array.add("e");
            } else {
                String newString = array.get(i).substring(0, j) + array.get(i).substring(j + 1);
                //Check if the string is already added to the array list to prevent duplicates
                if(!array.contains(newString))
                    array.add(newString);

            }
        }
    }
}
System.out.print(array);

您的代码的问题是，它没有从原始字符串和每个新生成的字符串中删除所有出现的字符“C”。相反，它只删除在原始字符串中找到的第一个出现的“C”，然后生成新字符串。不会删除新字符串中后续出现的“C”。要解决此问题，你可以修改内部循环来跟踪从原始字符串中删除的最后一个“C”的索引，然后在每个新生成的字符串中只删除该索引之后的下一个“C”。
然而，值得注意的是，这种方法只适用于长度为1的字符串，而且不太灵活。最好编写更通用的代码，以处理任何字符串和字符。作为一种替代方法，我编写了一个函数，它完全符合您的要求：

public static ArrayList<String> deleteOccurrences(String input,char occ) {
    ArrayList<String> result = new ArrayList<>();
    result.add(input);
    for (int i = 0; i < result.size(); i++)
        for (int j = 0; j < result.get(i).length(); j++)
            if (result.get(i).charAt(j) == occ && !result.contains(result.get(i).substring(0, j) + result.get(i).substring(j + 1)))
                result.add(result.get(i).substring(0, j) + result.get(i).substring(j + 1));
    return result;
}

你可以像这样调用这个函数（如果你想测试它）：

ArrayList<String> result = deleteOccurrences("CACA",'C');
 System.out.println(result);